除了《哥斯拉VS王者基多拉》，在1995年所拍摄的《哥斯拉VS戴斯特洛伊亚》中将哥斯拉描述成以核能放射线为食的生物，在食用了大量核能放射线后变成了红莲哥斯拉，其身体外皮呈现出大面积的红色，并朝外不断喷出白色雾气，喷出的热线全为红色，在电影中几乎无视任何攻击伤害，并也借此打败了戴斯特洛伊亚，不过在之后也因体内失控的核能而死亡，这一结局也影射了现实中核能的应用对于人类文明走向的担忧。
在原本的计划中，东宝公司打算以《哥斯拉VS戴斯特洛伊亚》结局中哥斯拉的死亡来为系列电影划下句号，而之后由美国在1998年所拍摄的美版哥斯拉与原设定中相距甚远，哥斯拉的起源变成了一只受到核辐射而变异的巨大蜥蜴，其外观也进行了重新设计，行动变得敏捷，口吐热线被取消、美版哥斯拉在电影中甚至还会产下蛋来繁衍自己的后代。种种奇怪的设定令日本方面相当不满，再加上当时在“《哥斯拉》系列”结束时重制的另一个经典怪兽系列卡美拉三部曲获得大成功后粉丝对哥斯拉回归有了期盼，东宝在之后的1999年12月11日将哥斯拉进行了第二次复活，推出了新的电影《哥斯拉2000》
第二次复活后的哥斯拉的剧情与平成年的作品毫无关系，哥斯拉的外貌与过去有着明显的不同，得益于特效技术的进步，该版本的哥斯拉所喷出的火焰并不像之前那么粗糙，其真实感大大增强。
21世纪的哥斯拉的风格在一定程度上继承了80、90年代的经典形象，但比前一系列更加强调与1954版《哥斯拉》的联系，该时期的哥斯拉拥有多种多样的象征意义，例如惩罚人类文明的天谴、过往的亡灵、对人类过于先进的科技显示出愤怒的巨灵以及人类面对无力克服危机时不得不认同的最强生物。虽然想法很好，但可惜的是，这些大胆的尝试未能使“《哥斯拉》系列”电影在好莱坞特效电影流行的时代获得如过往亮眼的成绩，东宝也在拍摄《哥斯拉最后战役》后宣布五年到十年，甚至可能不再拍摄“《哥斯拉》系列”电影。
随后时间来到了2009年，美国传奇影业公司继1998年后再次取得哥斯拉的拍摄权，宣布将与华纳兄弟合作拍摄全新的美版哥斯拉，与1998年的所拍摄的哥斯拉相比，这次的美版哥斯拉在外形和背景设定上更加贴合日版，如同样有着在上个世纪50年代与人类发生冲突的过去，并且给予了更具说服力的描述。在2014年所推出的美版哥斯拉中，哥斯拉成为了立于远古的生态链顶端、因死敌穆透的复活而苏醒的巨大生物。电影也在推出后获得票房和口碑上的双重成功，随后也宣布将拍摄三部曲。
