唐朝有“出将入相”传统，当了一段时间的中央官员后，为了进一步锻炼狄仁杰，朝廷将他任命为宁州刺史，当上了地方一把手。宁州这个地方就是现在的甘肃宁州，后来宋朝时期发生了党项族叛乱，建立了西夏国。
狄仁杰在宁州的时候，善于安抚百姓，各族人民十分融洽。朝廷派来的御史郭翰巡视各地，地方官多被弹劾，唯独到了宁州境内，“耆老歌刺史德美者盈路。”百姓还为狄公立碑，令御史称叹不已。
狄公的政绩被反映到朝廷，他被征为冬官（工部）侍郎（副部长级），充江南巡抚使。
狄仁杰到了江南，看到吴、楚各地有很多“淫祠”，当地人民迷信各种鬼神，他一举摧毁1700所，只保留夏禹、吴太伯、季札、伍员的庙宇祠堂。
客观来说，狄公此举破坏了大批历史悠久的古迹，但对破除当地的迷信是有利的。
随后，狄仁杰被任命为豫州刺史。此时到了武后主政时期，唐宗室越王李贞等起事被镇压，牵连六七百人，其家没为奴婢者5000多口。狄仁杰感到不忍心，冒死密奏武后，说其中大多是牵连的无辜者。武后特地赦免了这批人，改为流放丰州（今内蒙古五原县）。
唐时的流放就是换个地方定居，比*头和当奴婢肯定好多了。
这批流人经过狄公主政过的宁州，当地百姓迎迓提供食物，都说“是狄公的恩德才让你们活下来的。”流人们相携痛哭于狄公碑下，到了丰州又为狄公立了一块功德碑。
宰相张光辅平定越王李贞后，纵容麾下士兵在河南一带大肆*戮无辜者以邀军功，还在地方上巧取豪夺。狄仁杰多加制止，张光辅大怒：“你这地方官竟敢对抗朝廷派来的元帅？”
狄仁杰严词反驳：“乱河南者，一越王贞耳。今一贞死而万贞生。”“如果有尚方宝剑，我一定把你斩了！”
张光辅恼恨不已，回到朝廷就将狄仁杰参了一本，狄仁杰被降职为洛州司马。
表面上狄仁杰被降职了，但实际上洛州就在首都的眼皮底下，说明武则天很看重狄仁杰的才能，准备将其大用。
果然不久之后，天授二年（691）九月，武则天提拔狄仁杰为地官（户部）侍郎、判尚书、同凤阁鸾台平章事，在唐朝有“同平章事”头衔的就是宰相。
这意味着，经过多年奋斗，狄仁杰终于已经成为一名宰相。这时，他已经62岁了。
武则天对他说，“你为官声誉颇佳，但是说你坏话的人也有不少，你想知道吗？”
狄仁杰回答说：“陛下认为我有过错，我就认真改正；陛下认为我没有过错，这是作为臣子的幸运。我不想知道那些说坏话的人。”武后称赞他宰相肚里能撑船。
不过，令狄公没想到的是，很快一场猝不及防的灾难扑面而来。
由于多年以来，狄仁杰不畏权贵，刚正无私，不仅让很多人嫉妒，也得罪了很多人。
当时武则天得国不久，重用酷吏，大肆屠戮宗室和重臣，连资历很深的宰相裴炎、魏玄同等人都被酷吏*害。
