成为火影
第三次忍界大战结束后，在木叶做出让步的前提下，木叶与岩忍村签订了和约。为了对在战争中牺牲的木叶忍者负责，同时迫于木叶高层的压力，三代目火影主动辞去了火影之位。凭借在第三次忍界大战中出色的表现和强大的实力，在征得火之国大名的一致同意之后，水门顺利成为了火之国木叶忍者村的第四代火影。 [2]
九尾之乱
击败面具男
在鸣人出生当天，水门喜极而泣。但就在此时，一个戴着面具的神秘男子突然现身，*死除水门一家外所有在场人员，并挟持了鸣人来威胁水门。“面具男”的目的是控制玖辛奈体内的九尾袭击木叶。虽然水门救下了鸣人，但“面具男”劫走了玖辛奈并打开封印放出了九尾，九尾在“面具男”操纵下对木叶大肆破坏。
水门及时救下了玖辛奈，在安置好鸣人和玖辛奈之后便前去迎战九尾，在用时空结界成功转移九尾的尾兽玉后，“面具男”突然从背后偷袭，水门用飞雷神之术脱身。随后二人展开对决。水门怀疑“面具男”可能是当年与初代火影交战过的宇智波斑，而且是个极其危险的人物，必须阻止他。
在经过两个回合的交手后，水门分析出对手忍术的弱点并制定出克敌之策，使用飞雷神二段并以螺旋丸重创“面具男”，并在“面具男”身上留下了飞雷神术式。随后水门使用契约封印解除了“面具男”对九尾的控制，“面具男”受伤逃走。
夫妻为保护鸣人而牺牲
此时九尾仍然袭击木叶，水门以飞雷神之术将自己和九尾带离木叶村，同时将玖辛奈和鸣人带至现场。水门认为“面具男”将来一定会给忍界带来腥风血雨，为了阻止他，水门决定让鸣人成为九尾人柱力。水门将九尾的阴属性查克拉以尸鬼封尽和自己一同封印在死神体内，阳属性查克拉则以八卦封印封印到刚出生的鸣人体内，同时把自己和玖辛奈残余的查克拉一同封印入鸣人体内。在对鸣人留下最后的遗言后，水门和玖辛奈便双双去世。 [3]
修复封印
残留查克拉出现在鸣人意识里
佩恩之战的时候，被仇恨驱使的鸣人即将撕下九尾的封印，这时水门出现在鸣人的精神世界及时阻止鸣人撕下封印，并告诉了鸣人自己是鸣人的父亲。鸣人向水门诉说这些年的辛酸，而水门只能对鸣人怀着歉意：“想以父亲的身份道歉也不够资格吧。”此后，水门将其让鸣人成为九尾人柱力的原因以及十六年前“面具男”控制九尾袭击木叶的真相告诉了鸣人，并解除了鸣人对于忍界和平的疑惑，指引鸣人要自己去寻找答案。水门修复封印后，因查克拉用尽而消失。 [4]
忍界大战
秽土水门
在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影，佐助从初代火影那里得到了他想要的答案，决定守护木叶，于是和四位火影一同奔赴战场。[5]
在最后的战场，水门终于与儿子鸣人相遇，与历代火影并肩作战对付十尾，期间发现了“面具男”竟然就是带土的事实。带土在那之后便成为十尾人柱力，水门面对这样的带土而陷入苦战，由于阴阳遁术的缘故而失去右臂，于是和鸣人联手与带土对抗。在战斗中，水门两次使用飞雷神拯救了忍者联军，避免了全军覆没。
之后鸣人在尾兽拔河中成功赢了带土，带土因而失去六道仙人的力量。卡卡西打算亲手*死带土，水门见状上前加以制止，并指出卡卡西没有及时从内心深处救赎带土的错误。而带土随即遭到黑绝附身，与水门、卡卡西对峙；此时我爱罗和小樱将因九尾被抽离而濒死的鸣人送到水门之处，水门为了拯救鸣人的性命打算将自身的九尾阴查克拉传输给鸣人，却遭到黑绝的阻挠，九尾查克拉也被黑绝夺取。
随后赶到的宇智波斑打算劝诱带土重返自己一方，水门为阻止斑而进入仙人模式发动攻击，但却反而被斑切断左臂。失去双臂的水门难以再战，不过仍然在一旁支援卡卡西以及随后赶来的迈特凯的战斗，并在阿凯以八门遁甲之阵与斑进行殊死搏斗之时与在场众人制定战术进行援护，更以飞雷神之术舍身替阿凯转移斑的阴阳遁术攻击，以使阿凯的攻击奏效。 [6-8] [9]
当斑施展无限月读之际，水门因飞雷神之术的缘故转移到木叶火影岩上面，对突然发生的异变感到惊讶；同时感觉到由于辉夜复活而产生的庞大查克拉，与其他三位火影一同赶往鸣人所在的地
