《名侦探柯南：绀青之拳》固然很精彩，特别是怪盗基德带着柯南在空中飞来飞去的一幕，充满了喜感，此前的剧场版中，柯南曾经要基德用滑翔翼飞行，可是基德说自己的只是滑翔翼，并不能拥有这样的能力。而在《名侦探柯南：绀青之拳》中，基德就特意给滑翔翼加装了推进器，算是一个小彩蛋了，绀青之拳有很多未解之谜，直到影片完结，都没有对这些谜团进行一个完整的解释。
第一个谜团来自于新加坡的著名景点鱼尾狮，这个矗立于浪尖的狮头鱼身像是新加坡的标志和象征，它的后面还建有一座小鱼尾狮像与之相伴，它会与大鱼尾狮呼应，从口中喷射水柱。《名侦探柯南：绀青之拳》中，里昂为了给海盗们信号，就让鱼尾狮喷出红色的血水，可是剧中对鱼尾狮是如何喷出血水的并没有做出任何交代。
如果是以往的名侦探柯南，在案件解决的时候，柯南必定会进行解说推理，可是这一次柯南并没有提起过。绀青之拳打斗固然经常，京极真就如何超级赛亚人般坚不可摧，可是推理方面的剧情弱了很多，作为一部推理动漫，岂不是本末倒置？
而这第二个未解之谜，就是基德是如何被陷害的？里昂如何把女秘书的尸体放入展馆下方的？如果里昂是把所有保镖都支开，然后自己行动，那这个动静未免太大了，而且万一有保镖走漏风声那对里昂绝对不利，而如果自己偷偷藏，那身手恐怕比基德还强。
