2006年，日本漫画家安倍夜郎创作了漫画《深夜食堂》，在小学馆的杂志《Big Comic Original增刊》上连载，这部漫画引起了很多读者的关注，并于2010年获得第39届日本漫画家协会大奖。
漫画中的“深夜食堂”其实就是一家普通的小饭馆，凌晨0点到早上7点之间营业，门口的帘子上挂着“食堂”两个字，因为营业的时间在深夜，所以被经常来用餐的客人称为“深夜食堂”。
那么，经常在这个时间段，出现在这家小饭馆的都是些什么人呢？
他们每个人都有一段奇妙的故事。
且听娓娓道来。
两个老板、没有缘分的爱情深夜食堂的第一任老板叫风间让吉，二十年前一直经营着这家小饭馆，某日，风间在饭馆认识了一位姑娘，产生了“恋爱”的感觉，已婚的风间情愿为她做任何事，但是两个人只是在这里约会，姑娘喜欢的只是风间，并不贪图他的家产，她说服风间，两个人就保持这样的关系就好。
每年的三月三日是姑娘的生日，风间店长会为姑娘特别制作一道特别的樱花鳕鱼松饭作为生日礼物，这段特别的爱情在二十年前戛然而止，姑娘与风间分手，从此杳无音信。
失去了生活支柱的风间将这家饭馆转让给现任老板，从此郁郁寡欢，半年后抑郁离世。
在转让饭馆的时候，风间嘱咐深夜食堂现在的老板，每年三月三日做一道樱花鳕鱼松饭。
二十年后，那位与风间交往的姑娘的女儿出现了，才道出了妈妈为什么选择远走，原来、直到分开，两个人一直深爱着彼此。
现任老板的脸上有一道刀疤，曾经和阿龙的小弟持刀对峙，气势上丝毫不输给对方，有一次听到五月女医生不结婚的理由后，说了一句，自己也是一样，已经受不了。
君生我未生，我生君已老，就让一切在不言中吧。
爱吃香肠的黑道大哥经常来深夜食堂晃悠的黑道大哥剑崎龙，是被日本警察厅列在名单上的今城会鬼岛组的干部，每次来食堂都会点“章鱼烧”香肠，一个人静静的吃完，然后起身离去。
高中时的阿龙是棒球选手，有望进入职业棒球队，在和女友久美外出时遭到小混混的*扰，为了保护女友与小混混大打出手，最后被学校开除，不但失去职业前途，也被迫与女友久美分手。
在高中棒球队训练时，久美每次都会给阿龙做章鱼烧香肠，因为热量高、又方便吃，每次都让阿龙元气满满。
多年以后，久美已为人妻，并且染上病重、时日无多，某个深夜，阿龙接久美来到深夜食堂，两个人肩并肩一起吃了最后一顿“章鱼烧”。
把烟熄灭了吧，对身体会好一点，虽然这样很难度过想你的夜。
单恋的往昔时光小寿寿经营着一家同性酒吧，因为经常来深夜食堂，认识了阿龙，两个人熟到经常互相吃对方的食物，小寿寿本名小村彻五郎，年轻时单恋银座市中心的一位男侍者阿幸，但一直没有勇气和对方表白，后来阿幸被父母带回老家，两人就此失联。
多年后，小寿寿和当年一个旧识聊天，又说起阿幸，原来阿幸已经去世多年。
小寿寿年轻时，也交往过一位女友，在小寿寿不知情的情况下，女友一人生下了一个男孩，如今男孩已经长大成人。
距离年轻时已经过去了将近50年。
不是恋情的师生恋阿龙的小弟阿贤（北贤），因为年轻气盛，第一次来深夜食堂时差点和老板发生冲突，今城会鬼岛组组员，非常仰慕阿龙大哥。
阿贤加入黑道前是著名高校篮球队的队员，因为一次打架冲突被学校开除，在学校的时候，阿贤喜欢英语老师市川民子，离开学校10年后，有一次偶然遇到了一直留美的民子老师，两个人一起喝酒，趁着酒意阿贤向民子表白。
不料民子回到美国突然中风住院，三个月后就病逝了，阿贤知道后痛哭不已。
到了夜深人静的时候，还无法安然睡去，总是有一些这样那样的理由，这样和那样的人生，交织在一起，像墙角的蜘蛛丝一样，彼此交叉后就再没有交点，想留住什么，却什么也留不住。
平凡的食物，与并不平凡的人生，构成了在深夜营业的食堂。
