从第1集到第135（原版第128）集，为"柯南"世界观的初步构建时期，可以称之为"柯南篇（序幕）"。主要是江户川柯南的出现，与少侦、服部平次等人物的相遇，让基本主要人物得到出场机会。
第135到第150（原版第231）集，为灰原哀，也就是宫野志保的登场时期，可命名为"雪莉篇"。该篇章以宫野明美的十亿元抢劫事件为开端，引出灰原哀的感情线。以第190～192（原版第176～178）集，杯户饭店事件为高潮。以第149～150（原版第230～231）集的《神秘乘客》事件为收束，引出贝尔摩得和赤井秀一。
第150到第459（原版第425）集，为"满月篇（贝尔摩得篇）"。承接《神秘乘客》案，贝尔摩得和以赤井秀一为代表的FBI正式进入主线，双方表现出十足的神秘感与实力。以第371～375（原版第345）集，《与黑衣组织面对面 满月之夜的两起神秘事件》为高潮。
第459到第555（原版第508）集，为"红黑篇（基尔篇）"。以水无怜奈委托小五郎为开端，一次空前绝后的红黑大对决拉开帷幕。土门康辉事件、医院转移事件、赤井秀一假死事件，该篇可谓高潮迭起。FBI卡迈尔加入主线，赤井秀一感情线补充，CIA进入主线，赤井秀一"退出"主线。
第556（原版第509）到第836（原版第783）集，为规模宏大的"波本篇"。该篇分为列车篇和绯色篇，前者以基德参与的列车篇为高潮，后者以揭露冲矢昴的真实身份、赤井秀一复活为高潮。基德首次并唯一一次参与主线，日本公安安室透参与主线，赤井秀一复活，世良真纯、MI6赤井玛丽加入主线。
从第838（原版第785）集至今，便是更为宏大、信息量更为巨大的"朗姆篇"。截至目前，我们已经解开了朗姆胁田间则的真实身份，但有关关键案件"羽田浩司事件"和赤井家族的谜团仍未解开。
