两司在运行过程中，文官职能渐渐被其他衙署所代替，武官的职能就被凸显出来。拱卫司改为都尉司，后又变成了“亲军都尉府”，享受正三品的待遇。后来，仪鸾司也作为一卫并入其中。这时亲军都尉府已经比较庞大了，统辖3万多人，在这其中挑选精兵强将作为核心力量，专门负责贴身护卫朱元璋。
洪武十五年（公元1382年）朱元璋下令裁撤亲军都尉府和仪鸾司，锦衣卫正式宣告诞生。
建国初期，明朝还处在草创阶段，一群桀骜不驯的功臣，有势力，有威望，也只有朱元璋有能力驾驭这些人，用俗话讲就是能拿住。
而当时的太子朱标过于仁慈、善良，虽然有帝王的心术，但是没有朱元璋的狠辣手腕，如果将来即位，势必被这些人所左右，权柄下移，就会成为一个傀儡皇帝，这是朱元璋最不想看到的局面。
加之锦衣卫直接归朱元璋节制，属皇帝近臣，就被赋予了更多的职能，更大的权力，成为皇帝的军事机构，负责巡查缉捕、军事侦察、策反敌将等工作。
锦衣卫在实际活动中可谓无孔不入，朱元璋以各种方式和借口向各位权臣的身边派驻了锦衣卫的密探，在这一点上，和雍正朝十三衙门有一曲同工之妙，连大臣的隐私都难逃朱元璋无处不在的眼睛。
