有一个故事足以看出锦衣卫的恐怖。一个大臣与家人打麻将，在牌局中途丢了一张牌，只好就此散局。第二天，朱元璋询问此事，大臣如实作答，朱元璋便从袖中拿出了那张遗失的牌，大臣诚惶诚恐，吓得都炸毛了。
还有一次，一个国子监的大臣在家中因为仆人打坏器物，怒斥仆人，锦衣卫便将场景画了下来，报告给朱元璋。第二天朱元璋询问这位大臣时，如临现场一般。长此以往，搞得朝廷中人心惶惶。可见，锦衣卫无论何时何地都能神不知鬼不觉地掌控着一切，也可以说是替皇上掌控着一切。
锦衣卫的特殊性，成了凌驾于国法纲纪之上的强权部门，除皇帝外，任何人都无权管辖。锦衣卫在纠核百官，缉拿犯官的同时，为了向主子邀功请赏，也制造了大量的冤假错案。在锦衣卫建立不久，胡惟庸、蓝玉、郭恒三个大案相继发生，开国功臣大部分被以各种罪名屠戮殆尽，所剩寥寥。
时间一久，朱元璋也意识到了锦衣卫权力太大，已处在失控的边缘，并引起了百官的反感，犯了众怒。于是下令废除了锦衣卫制度和用于刑讯逼供的刑具，将刑事案件的业务交回刑部审理。为了平息锦衣卫带来的风波，朱元璋下令*了锦衣卫都指挥使毛骧。
公元1399年，燕王朱棣发动了靖难之役，南北战争共打了4年，最终建文帝逃亡不知所终，朱棣成为明朝第三位帝王，史称“永乐大帝”。
