9.第九部 <水平线上的阴谋>
在太平洋航行的阿佛洛狄忒号。柯南小兰、小五郎，还有少年侦探团和阿笠、园子等一行人，参加了它的处女航。靠八代财团的威信建造的那艘船上，邀请了许多政界和演艺界的名人。在船上，有个可疑人影在行动。最终，发生了*人案。在其背后，15年前，于北大西洋沉没的货轮——第一八代号的事故和八代集团的设计师因心脏病引起的交通事故有所关联。在海上，柯南等人被卷入一场无处可逃的阴谋之中。
10.第十部 <侦探们的镇魂歌>
小五郎接到了侦探委托。委托人将ID交给了少年侦探团和小兰，他们兴高采烈地去乘坐超人气过山车·超级大蛇。可是，那个ID设置了炸弹。如果不能解决委托，就打开开关令其爆炸。时限为截至闭园的12个小时。不断提供提示的神秘男子，将柯南称为“工藤新一”。同样和叶也被当作人质。在与服部平次会合的同时，柯南全力向真相逼近。那里有令人意外的人物关系。曾经在怪盗基德于美术馆夺走宝石的那天，发生了某件事。柯南发现案件背后隐藏的阴谋的影子。可是，时间的流逝毫不留情。
11.第十一部 <绀碧之棺>
柯南一行人在太平洋小岛“神海岛”上度假。神海岛有着被称为“海底宫殿”的古代遗迹，传说中沉睡着300年前真实存在的两个女海盗安娜·邦妮和玛丽·里德留下的财宝，因此吸引了很多宝物猎人。这时，在海底宫殿附近潜水的小兰等人面前，猎人之一被鲨鱼袭击身亡。但柯南推理这不是意外。在海底沉睡的传说，悄然开始行动的阴谋。
12.第十二部 <战栗的乐谱>
不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续*人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件。而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。
