这个时候，13世纪传入的伊斯兰教已在苏门答腊岛西部的亚齐苏丹国扎下根来，这个亚齐苏丹国为流亡的占婆王族所建。面对如日中天的穆斯林势力，为了更长远的发展，马六甲国王与亚齐苏丹国公主联姻，改宗伊斯兰教，君主也用苏丹称号，演变成为马六甲苏丹国。
马六甲皈依伊斯兰教，极大的促进了伊斯兰教的广泛传播。伊斯兰教以马六甲为源头，向马来半岛和苏门答腊岛东岸传播。马六甲又有很多爪哇人，通过他们又把伊斯兰教传进爪哇各个港口，形成二级传播中心。最终，这些港口的商人又把伊斯兰教传遍整个东南亚群岛。
在伊斯兰教传播的过程中，印度尼西亚形成了一大批苏丹国。除了马六甲外，比较著名的还有东爪哇的淡目、西爪哇的万丹、苏门答腊的亚齐、加里曼丹岛的文莱和马辰以及望加锡、特尔纳特、蒂多雷、安汶等等。其中东爪哇的淡目于1478年灭掉了满者伯夷，成为爪哇最主要的国家。
随着明朝海禁政策的实施，马六甲辉煌不再，欧洲人的脚步临近。15世纪末，葡萄牙人从印度那里得知，令穆斯林致富的香料来自于东南亚群岛。于是，葡萄牙决定从穆斯林手里夺取香料贸易控制权。1511年，葡萄牙人第二次攻打马六甲，最终将其攻陷，马六甲苏丹国灭亡，其王室逃走后建立了柔佛和霹雳苏丹国。
随后，葡萄牙人以马六甲为基地向印度尼西亚渗透。1512年，葡萄牙登陆摩鹿加群岛即今天的马鲁古群岛，这个群岛香料品种最丰富、产量最多，因此被称为“香料群岛”。葡萄牙与该地的特尔纳特、蒂多雷两大苏丹签订协议，并进驻安汶岛，利用他们之间的矛盾，垄断香料贸易。此外，葡萄牙还因为檀香木生意在帝汶岛建立了殖民地。
