注: 《狂欢男爵与神秘岛》过于黑暗、压抑的风格引起了较大的争议
然而，虽然《狂欢男爵与神秘岛》饱受争议，商业表现也并不理想，但是本作的艺术价值不容被忽视，并且本作作为细田守所指导的第一部长篇动画电影也已被载入史册。只可惜，对于一部长篇动画的剧场版而言，如此风格化的作品注定会在观众反响以及商业表现上承受巨大的压力。
也许是为了力挽狂澜，2006年的剧场版《机关城的机械巨兵》再度由TV版动画的导演宇田钢之介执导。一反原作和TV版动画当时所处的七水之都篇以及《狂欢男爵与神秘岛》的严肃压抑风格，《机关城》采取了轻松搞笑的路线，故事也更加简单明快。在敌方角色的设计上，宇田导演也有意识地选择将本作的主要敌人拉切特设计为简单而单纯的角色，而没有像《航海王》中的其他敌人那样加入复杂的背景故事。
然而，本作所采取的路线却在上映之后再一次引起了争议。虽然有很多观众认可本作的风格，但是也有观众对本作的轻松搞笑的路线提出了较多的批评，并且更是有一些对《狂欢男爵与神秘岛》的尝试抱有好感的观众因为作品路线的一百八十度大转弯而感到失望。此外，由于乔巴配音演员大谷育江在当时身体状态不佳，本作中乔巴的配音演员和当时的TV版一样临时由他人代替，但乔巴以及敌方主要角色的配音也招致了较多的批评。最终，本作的票房在《狂欢男爵》的基础上进一步下滑至9亿日元。值得一提的是，本作为日后的TV版动画提供了大量的优秀配乐，不过这就是后话了。
在《死亡尽头的冒险》制作期间，宇田钢之介曾短暂离开TV版动画的制作现场，并由前三部剧场版的导演志水淳儿代理TV版现场导演的职务。同样地，制作《机关城》期间，TV版的现场导演由剧组内最具实力的演出（分集导演）境宗久代理。然而，在《机关城》制作完成以后，宇田虽然仍然挂名TV版导演一职，但是却并没有回到TV版的制作现场。我们并不知道这是因为宇田本人因为《机关城》不如预期的表现而收到了打击，还是因为更高层希望剧组能有一些新变化。只是，不论背后的原因是什么，《航海王》动画所面临的隐忧已经正式浮出水面。三
对于长篇动画而言，剧场版的票房失利会对TV版动画产生很大的影响，《航海王》也并不例外。剧场版的票房失利，再加上IP商业开发的业绩不振，以及动画收视率在彼时所遇到的瓶颈，“是否要结束《航海王》动画”这一问题最终还是被摆上了台面。根据富士电视台方面在多年之后的证实，在当时，电视台方面对于《航海王》动画曾有两个方案：停播或移档。而此时，这部已经播出了7年的作品面临着生死存亡的危机。
好在富士电视台最终没有选择停播这条路。在277、278话两集连播之后，《航海王》动画于2006年10月撤出黄金时间段，播出时间从279话开始改为周日上午9点半。而与此同时，初代导演宇田钢之介也正式卸任导演一职，并由境宗久正式接任。随着档期的调整，片尾曲动画被废止，而片头曲动画则由1分50秒延长至2分30秒。
注: 这一经典镜头出自《航海王》第278话，而这也是《航海王》在黄金时间段播出的最后一集动画
为了应对档期调整对制作现场所造成的一系列影响，并缓解进度追上漫画的问题，剧组在第279话至283话播放了连续5集的总集篇。在司法岛的剧情正处于高潮之处时突然插入5集回忆，这一做法在当时很难得到所有观众的理解。而片尾曲的废止更是对《航海王》动画的未来产生了非常深远的影响。但是对于当时的剧组来说，《航海王》动画得以继续生存下去，就已经很幸运了。
然而，虽然动画得以继续播出，但是《航海王》动画所获得的资源已经不可避免地大幅减少，司法岛篇的质量也因此在很大程度上受到了影响。但是《航海王》剧组并没有因此放弃努力，送别梅利号的312话更是成为了所有观众的记忆。
