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这个时候，川漥和谏山开始以连载为目标构思故事。他们选择《进击的巨人》短篇为蓝本，每周进行一次讨论，不断完善故事大纲、世界观和人物设定，日复一日地修改分镜稿。
“我讨厌那种基于市场调查的漫画，那些调查是关于什么样的角色或情节元素会受到读者欢迎的。凭借这些东西，你永远无法创造出新的东西。所以，我带着这种愿望去看别人创作一些有新意的东西，并决定亲自尝试。”——谏山创·2014年BRUTUS访谈
2009年，是讲谈社旗下的《周刊少年Magazine》创刊50周年。所谓的“御三家”中，老前辈Magazine和Sunday在此时都只能远远望着一骑绝尘的Jump。
庆祝完50周年，讲谈社想出了另辟蹊径的一招。精准针对Jump的“热血友情胜利”和Sunday的“星期天般轻松”，讲谈社打算推出一本收录奇幻系作品的增刊。
就这样，《别册少年Magazine》创刊了。
在连载会议上，编辑长和组长都对《进击的巨人》的构思赞赏有加，有意让其在《别册少年Magazine》的创刊号上开始连载。
2009年9月9日，《别册少年Magazine》创刊号发行，上面刊载了《进击的巨人》第1话：
“致两千年后的你”。
创刊号的彩页部分被破天荒地分配给了谏山与石泽庸介两位初出茅庐的新人。
在彩页的第一个跨页，川漥别出心裁地设计了一句颇具挑衅性的宣传语：“阅读漫画所需要的这项才能是真的吗？”
连载！连载！我知道靠画漫画谋生是非常困难的，所以我当时的梦想就是挣足够的钱来养活自己，即使我的漫画永远无法获得巨大成功——更别说幻想成为百万富翁了。——谏山创·2014年BRUTUS访谈
《别册少年Magazine》是月刊，相比JUMP等周刊紧锣密鼓的连载周期，漫画家的压力少了一些。
谏山一般花一星期画分镜稿，两星期作画，再用一星期思考接下来的原稿和故事内容。
虽然故事的结局和整体流程已经构思好了，但是具体到每一话的篇幅、角色的对白、故事发生的场景、事件在整体时间轴中的位置，还是需要仔细设计考虑。
谏山有意在每一话都放入足够的爆点和“惊奇感”，使得《进击的巨人》在初期的剧情非常紧凑。
然而，由于杂志上有很多老牌漫画家的作品，读者们倾向于把票投给这些熟面孔，第一期的调查问卷排名中，《巨人》只排在了第7位。
第1话从铺陈世界观，到主要角色登场、介绍调查兵团，再到结尾的巨人入侵，令人目不暇接。第2话的中心剧情是艾伦的母亲被巨人吃掉，紧接着时间线迅速跨越，直接跳转到了训练兵团的结业典礼。到了第3话，超大型巨人再度出现。第4话，104期训练兵与巨人展开战斗，艾伦被吃掉，可以说是全程高能。
第一话结尾
此时，巨人开始逐渐积累人气，问卷顺位也逐渐攀升。到了艾伦巨人化把托洛斯特区的大洞补上的时候，《巨人》的读者人气达到了高峰。
编辑部策划《巨人》第1卷单行本的时候，将首发印刷量从常规的2万册提升到4万册。然而，在读者的口碑和媒体的推荐下，单行本不断加印，在第3卷发售前就突破了100万册大关。
2011年，仅仅连载两年的《进击的巨人》先后斩获SUGOI JAPAN漫画大赏男性部第1名，以及“讲谈社漫画赏”的年度少年漫画赏。
在我的小房间里，我感觉自己和整个宇宙联系起来了。在我的梦想中，《进击的巨人》是一个迷人的、可以改变世界的故事。——谏山创（2015年BBC专访）
然而，连载过程也并不总是一帆风顺的。
在每个月的作画周期中，最痛苦的就是画分镜稿（Name）,镜头前的谏山，展现出一种和井上雄彦类似的苦恼。
大概就是这样的循环：困的时候，就画不出来好的分镜，就去睡觉。醒来，又饿了。饿了的时候，分镜也画不出来，就去吃饭。吃完饭又困了，困了，就画不出来好的分镜。——谏山创·TBS情热大陆访谈
