兰巴的老虎
在和兰巴战斗的过程中，阿姆罗也完成内心成长，变得更有担当和责任感。阿姆罗一度因为不被认可，离开母舰。但最后，他还是选择回归，为了同伴而战斗。每位角色的内心成长也是高达的一大看点。另外，玛吉露达给阿姆罗送来了高达的空中配件。这让高达能够空中组装，战甲变身，上战座。
空中组装
另一边，吉翁在地球还有一位马克贝上校。他是基西莉亚的手下，主要负责军方矿场管理。然而，马克贝并没有给兰巴提供任何支援。最终，兰巴的一次突击行动失败，他遭到阿姆罗等人的包围，选择自*。死前，兰巴对大家说：“这就是军人的最终宿命。”之后，为了给兰巴报仇，兰巴的情人哈蒙发起自*袭击。这场战斗中，龙为了保护同伴，带伤作战。他驾驶核心战机和哈蒙同归于尽。龙的死亡让所有人都陷入悲伤。大家发现，战争会给交战双方都带来痛苦。
与此同时，联邦军组织了一场奥德赛行动，核心是要夺回吉翁控制的矿场，这片矿场的资源是维系战争的关键。这次行动，白色木马也被要求参加。很快，联邦军完成集结，开启反攻。这次，吉翁军出动了新机体，大魔，还有三名强大的敌人登场，代号是三连星，意思就是特别喜欢送三连的超级巨星。另外，马克贝收买了一位联邦少将，作为间谍。因此，战斗初期，联邦军遭受沉重的打击，就连阿姆罗暗恋的玛吉露达，也被三连星*害。不过，玛吉露达给高达送来新装备G部件支援战机，这台战机能和高达分拆合体，让高达战力大增。
空中高达
其实，在高达0079的故事中，一台高达并不能拯救世界。但是，高达SEED会说：“一台确实不够，至少需要两台。”高达00也会说：“两台可能也不够，四台应该就够了。”接着，经过一番战斗，阿姆罗解决了三连星，完成三连。他还帮助联邦军抓出少将间谍。因此，联邦军逐渐取得战场优势，压制吉翁军。他们成功夺回矿场，击败马克贝部队。不过，马克贝提前运走大量资源，并且逃到太空。这些资源足够吉翁使用十年，可以维持战争。
在奥德赛行动后，白色木马的所有人得到雷比尔将军的接见，大家成为了正规军，拥有了军衔。接下来，夏亚被基西莉亚重新启用，负责对付白色木马。他还得到了许多新机体，包括水陆两栖的MS战蟹和魔蟹，还有各种型号的机动堡垒（MOBILE ARMOUR，简称MA）。不过，高达也能在水下战斗，总能击退夏亚的进攻。
之后，夏亚找了一位女间谍米海尔，调查联邦军的情报。米海尔从事间谍活动，是为了赚钱养育弟弟妹妹。经过一番波折，米海尔潜入母舰。她还和凯互相产生好感，得到凯的多次帮助。米海尔发现，母舰上也有和弟弟妹妹一样大的小孩。因此，米海尔决定放弃间谍工作。可是，由于米海尔早前送出的情报，夏亚派出部队伏击白色木马。这次，米海尔陪着凯一起战斗，负责导弹射击。由于一枚导弹的机关故障，米海尔必须手动射击。最后，米海尔成功发射导弹，但自己却不幸战死。在米海尔的帮助下，大家击退了强大的敌人。可惜，米海尔却失去生命，让凯痛哭流涕。
此事结束，白色木马被派到联邦军的加布罗基地。这里秘密生产了简化版高达的量产机吉姆。基地中还有玛吉露达的未婚夫。没想到，夏亚率领大军，袭击加布罗基地。战斗中，夏亚驾驶红色魔蟹，十分强大。为了帮助阿姆罗，玛吉露达的未婚夫被夏亚*死。这场加布罗战役十分惨烈，联邦军艰难守住基地。之后，夏亚还遇到亲妹妹塞拉，兄妹相认。然而，夏亚执着于要向扎比家族复仇，又和妹妹分离。
接下来，联邦军准备攻打吉翁的所罗门太空基地，白色木马被编为第十三独立部队。母舰还加入了一位新成员，爱好美女的史列加中尉。随后，大家重新进入太空，开始宇宙作战计划。白色木马的任务就是当诱饵，吸引注意，因此，大家和吉翁的舰队进行了多次战斗。过程中，白色木马来到中立卫星SIDE6。这里还有米莱的检察官未婚夫。可惜，米莱被战争改变了性格，和对方分手。而在这段时间里，布莱德和史中尉，都喜欢上米莱。
米莱、布莱德、史中尉
另外，在SIDE6卫星，阿姆罗遇到父亲，父亲由于在宇宙漂流，患了缺氧病，现在，他犹如行尸走肉一般，只知道研发高达。就这样，由于战争，阿姆罗失去了父母的爱。同时，吉翁的多兹鲁派出康斯肯部队，攻打白色木马。但是，阿姆罗三分钟就干掉了对方的十二架大魔。接着，阿姆罗又在SIDE6见到一位女孩，拉拉。其实，拉拉是夏亚收养的女孩，两人还谈了恋爱。拉拉曾被送到新人类研究机构，进行培训。
原来，在进入宇宙后，人类会慢慢进化成新人类NEW TYPE。故事中，拉拉、阿姆罗、夏亚、塞拉等人都在战斗中，慢慢进化成新人类。新人类有很多超越普通人的特长，包括感知力强、心灵感应、脑量子波互相沟通等等。阿姆罗就是因为进化成新人类，这才会如此强悍。接着，白色木马离开SIDE6和康斯肯部队大战，阿姆罗爆发超强的战力，击*康斯肯。接下来，白色木马收到指令，大家和联邦舰队汇合，攻打吉翁的所罗门基地。镇守所罗门基地的就是多兹鲁。这场战斗极为惨烈，双方投入大量军力。没想到，联邦军拿出了秘密武器，反射镜。
