反射镜
如今，由于联邦拥有大规模*伤性武器——反射镜，吉翁军守不住要塞。多兹鲁下令让部下和家人撤退，他自己则是驾驶新机体大扎姆留下断后。大扎姆能发射威力超强的光束炮。这次，史中尉接过重任，驾驶G战机出战。出发前，他还对米莱深情告白，并送出求婚戒指。接着，在史中尉的帮助下，阿姆罗用近距离激光枪击毁大扎姆。但是，史中尉却被大扎姆的反击*死。最终，阿姆罗*死了多兹鲁，所罗门基地也被攻陷。但是，史中尉的死亡却让所有人都开心不起来。
接下来，联邦军开始追击所罗门基地的残军。双方在德克萨斯区域爆发大战。过程中，马克贝奉命来支援，驾驶新型MS强人。夏亚也驾驶新机体——红色勇士，来帮马克贝。没想到，马克贝不想被抢功，拒绝合作。他也因此被阿姆罗击败，失去生命。这场战斗中，阿姆罗首次和拉拉进行了脑电波感应。就这样，德克萨斯战役落下帷幕。
之后，吉翁派出了一位新人类参战，名叫夏利亚。但他在战斗中不敌阿姆罗，被击*。阿姆罗还发现，高达已经跟不上自己的反应速度。幸好，联邦的博士帮忙升级了高达的性能，因此，阿姆罗又能和高达完美匹配。与此同时，拉拉也加入战场，驾驶MA艾尔美斯。拉拉作为新人类，实力非常恐怖，取得丰硕的战果。只有当阿姆罗出现时，才能阻止拉拉。
拉拉
最终，阿姆罗单枪匹马击败夏亚和拉拉。阿姆罗还能和拉拉意念交流，互相认识彼此。后来，夏亚和拉拉又被派来进攻白色木马。这次，阿姆罗和拉拉进行交流，两人都想停止战斗。可是，夏亚却不肯罢手，继续对决阿姆罗。最后，为了保护夏亚，拉拉被阿姆罗*死。拉拉的死亡让交战双方都十分痛苦。阿姆罗失去了一位知己，夏亚则是失去了一位爱人。
与此同时，联邦军决定攻打吉翁的本土。此时，联邦军占据全面上风，阿巴瓦库要塞和基西莉亚的舰队被称为最后防线。因此，吉翁国王德金决定去找地球联邦和谈。没想到，基连独揽大权，不在乎老爹的死活。他偷偷研发了大规模*伤性武器——太阳能系统。基连趁着德金和联邦谈判时，对联邦舰队发动炮击。
太阳能系统
就这样，太阳能系统*死了德金和1/3的联邦舰队。这件事后，基连成为吉翁的最高*。他坐阵阿巴瓦库要塞，依靠太阳能系统威慑联邦。基连已经变成彻底的独裁者，希特勒转世。但是，联邦军却认为太阳能系统太可怕，他们决定攻打阿巴瓦库要塞，摧毁太阳能系统。随即，阿巴瓦库战役打响。
为了对抗联邦军，基连向妹妹基西莉亚求援。其实，基西莉亚一直是基连的政敌，两人勾心斗角。这次，基西莉亚发现是基连*死
了父亲，她居然在支援基连时，趁机暗*基连，为父报仇。之后，基西莉亚接过统帅的位置，她继续指挥吉翁军，但却难以抵抗联邦军的进攻。过程中，夏亚得到新机体——吉翁，和阿姆罗再度对决。吉翁的性能可以匹配高达，夏亚也进化成新人类，和阿姆罗斗得旗鼓相当。
新机体：吉翁
最后，高达和吉翁两败俱伤，双双报废。原本，夏亚和阿姆罗即将同归于尽。幸好，塞拉和拉拉的意识突然和两人进行沟通，拉拉告诉大家，新人类不是用来战斗的工具。最后，在塞拉和拉拉的劝说下，阿姆罗和夏亚停止战斗，各自离去。另一边，基西莉亚决定放弃阿巴瓦库。她启动要塞的自爆程序，准备炸死联邦舰队。基西莉亚早就安排好逃生飞船，想要逃跑。恰在此时，夏亚却来到她的面前，发动炮击。
就这样，夏亚一炮*死基西莉亚，终于完成复仇。但夏亚自己也被爆炸吞没，生死不明。接着，阿巴瓦库要塞即将自爆，而白色木马的所有同伴，都还在要塞中战斗。这时，阿姆罗突然得到拉拉的意识帮助，阿姆罗接通了每位同伴的意念，他指挥每位同伴，采用最快的方式，逃出要塞。在阿姆罗的指引下，大家成功逃出阿巴瓦库。之后，阿巴瓦库开始爆炸，白色木马也被炸毁。但是，所有同伴获救后，却发现阿姆罗没有逃出要塞。一时间，所有人都为阿姆罗感到哀伤。
就在这时，三位小孩突然开口指挥，让阿姆罗在找大家！
