达芬奇则让犹大和其他人融为一体，这也让他的《最后的晚餐》获得了更强的统一性。
和基兰达约的作品相比，达芬奇选择的是宽敞的室内作为背景，将12个门徒分为了四个小组，每个小组三个人，这使得耶稣很自然地成为了全场最中心。
达芬奇也没有给耶稣加光环，而是用了一扇敞开的大门和一扇小窗来取代光环，光线从门窗中自然透进来，这样的画法既保证了画面的对称，也让耶稣更显和谐。
其次，达芬奇的明暗技法比其他画家更加纯熟，这幅《最后的晚餐》明显比其他画作更有深度，天花板和墙面的挂饰为画面整体增加了不少立体感，但是因为背景用的是深沉的颜色，所以也不会夺走本该属于人物的光彩。
最后，达·芬奇描绘人物的技法也更加高超。
画面左右是两个挺直脊背、以侧脸示人的圣徒，以此标示出场景的边界，犹大和耶稣最喜爱的圣徒约翰在同一组，形成强烈的对比，暗示犹大是叛徒的方法更加含蓄，他是唯一脸部笼罩在阴影中的人物。
之前画家们为了忠实于耶稣所说的“共用碟子的人是叛徒”这句话不得不把犹大的位置安排在耶稣身边。
达芬奇没有让犹大挨着耶稣，仍然能让他和耶稣向同一只盘子伸手，基督没有被描绘成正在说话的样子，他只是安静而略显倦怠地坐在那里。
这种沉默巧妙解决了一个问题：早期作品中基督说话时使徒们各有各的反应甚至在自顾自交谈，这显得不够庄重。
喧哗中的沉默不但更显出基督的高贵，也使这个场景有了时空上的连续性，看到画的人耳边自然会响起耶稣的上一句话“你们中间有人将要背叛我”。
彭尼《最后的晚餐》下面这幅版画出自拉斐尔的学生彭尼（Francesco Penni），明显受到达·芬奇的影响（如彼得的手势）。
这幅画上的基督同样沉默着目视远方。彭尼没有像达·芬奇那样把人物分组，而是让耶稣成为画中惟一完全正面示人的人物。
明暗技法和“逆光的犹大”在达·芬奇之后的同主题作品中频频出场。此外达·芬奇那种让人物散乱中自有一套秩序的安排也影响了后世。
除了长桌，圆桌开始出现，这顿晚餐的参与者从此获得解放，不再钉在座位上而是有了更多动态。犹大常和其他人同桌，叛徒身份也有了越来越多新颖的暗示方法。
鲁本斯《最后的晚餐》鲁本斯（Peter Paul Rubens）这幅《最后的晚餐》大约绘于1630年。犹大正心虚地看着和其他人相反的方向。
