《最终幻想》初代的剧本是一个标准的“勇者拯救世界”的故事，无论是由寓言驱动的故事，被古神考验的勇者们，还是遍布世界的征途，都对后来一众RPG影响深远，尤其是引用“时空悖论”将一切归零的结局处理，可谓是触动了不少年轻玩家的心。到了《最终幻想起源》中，初代故事的主题则得到了进一步挖掘，每一位同伴与BOSS的形象也得到了进一步丰满，当玩家们通关本作之后，感受到的震撼恐怕不会弱于《最终幻想》初代。
关于《最终幻想起源》的故事
《最终幻想起源》的故事严格意义上来说发生在初代之前，主线的故事脉络同样是以“拯救四水晶”为线索，只不过四位光之战士变为了五位，他们将踏上夺回水晶光芒的征途，击败一个个混沌，并将世界从黑暗中夺回。你能在其中看到许多在初代中熟悉的角色们，它们的形象都得到了剧本和外形上的重新塑造，并拥有了更为生动的神采。
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记忆，是《最终幻想起源》深入挖掘的主题之一，初代《最终幻想》使用“失忆”作为结尾，而本作则使用“失忆”作为故事的开端，并构筑起了深邃的主题。记忆构筑了精神世界，塑造了人类的“灵魂”，当一个人失去记忆之后，那么他原本所独有的性格、理解乃至于观念都可能发生巨变甚至是直接消失，成为一具只受本能驱动的行尸走肉。正如本作中的主角杰克一般，支撑着他不断前进的并非是正义或是使命感，而更像是“消灭混沌“的*。这让他在旅途中总是表现出焦躁、迷茫和疑惑，并在一步步找回自己记忆的路途中感到怅然若失。
消灭混沌的道路也不只是充斥着“正义和美好”，每一次击败混沌后主角团们所夺回的记忆都会对众人产生信念的动摇：若是混沌理应被消灭，为何在每次击败混沌后，曾经失去的记忆都会归还？此种“正邪拷问”始终伴随着这场旅途，主角们关于混沌的讨论总是会爆发矛盾，磕磕绊绊前进的旅途中又多了些争吵。但伙伴们彼此的友谊也在每一次言语交锋中逐渐巩固，正如《最终幻想15》对主角团友情的出色展现，《最终幻想起源》在对正邪讨论的同时也将友情的主题展现的足够出色。
在一些主线的关键剧情上，本作基于初代故事进行了一些拓展，例如打破“四位光之战士”预言而出现“五位光之战士”的神秘原因；拥有着高等科技的鲁飞因人最终去往了何方；那位神秘的首席骑士哈兰德究竟从何而来等等，这让本作的故事更为跌宕起伏且充满悬念，每一位独创的人物形象也因此越发丰满，其中黑暗精灵阿斯托斯也不再是初代中纯粹“邪恶BOSS”，他成为了驱动故事推进的主要角色，并引导着主角们一步步揭开世界的秘密。
