转眼二十年。
日本人在雾社地区修建现代化设施，医院、学校、邮局、铁路，开发广袤的森林资源，教育原住民日本文化，想要驯服他们的野蛮。
结果的确成功了，年青一代的族人里，没有一个男人的脸上纹着象征男人的图腾。
年轻的族人都成了日本人的工人，但日本人拖欠的微薄薪水，和对原住民的歧视，长久的压迫在，使得矛盾在看不见的地方隐隐滋长。
而那个年轻的莫那鲁道，也变成了当年父亲一样的年纪。作为部落的首领，他从未丧失骄傲，但无法反抗强大的日本人，所以只能隐忍。
莫那鲁道常去自己的猎场，想起儿时父亲对自己讲述的民族骄傲。他偷偷收集火柴的火药，为的就是有一天能够反抗，但这一天遥遥无期。
电影到这里，第一部分就结束了。紧接着，就是整个故事的转折点，也是历史的真实事件：“雾社事件”。
雾社事件发生在1930年10月。莫那鲁道的部落上正在举行一场婚礼，一个日本警察来捣乱，和族人发生了冲突，警察被打伤。后来，莫那鲁道亲自带人去警局道歉，但那个警察依然上报给了军方。
他们打伤警察是一件大事，莫那鲁道深知日本人不会放过他们部落。部落内的年轻人们也群情激奋，积压已久的情绪轰然炸裂。于是莫那鲁道开始了反抗的计划。
以莫那鲁道为首的马赫坡社，联合了雾社地区附近六个部落，制定了详细的起义计划。当然也有一些部落的首领不同意，因为他们都知道这是一场必死无疑的战斗。
但莫那鲁道看着那群脸上光秃秃的年轻人说：“真正的人，可以输掉身体，但一定要赢得灵魂。”
在日本人运动会这天，雾社地区所有的日本人都聚集于此。赛德克族的部落发起了攻击，以此给部落的年轻人一场宏大的成人仪式，，屠*了一百多名日本人，其中包括老幼妇孺，这已经违背了传统。这是一场自*式的复仇。
雾社事件过后，日军大为震动，派遣了军队前来围剿。莫那鲁道率领着起义的族人也做好了应对，利用熟悉地形的优势和日本人展开了战斗，三百多人生生打退了三千多人的军队。
于是日军气急败坏，发动了凶猛的反攻。甚至动用了国际明令禁止的毒气弹。还利用其他的本土部落，与军队一起对整个雾社地区进行起围剿。
故事到这里，就是不停的战斗、牺牲、战斗、牺牲。这也是《赛德克巴莱》为数不多的槽点，在电影的后半部分给战斗的画面太多，故事的情节有些许停滞，但瑕疵很小。精彩的战斗画面依然能唤起内心的热血。
后面的战斗情节中，有两个十分震撼人心的场景。
男人们在战场上战斗，让女人们带着小孩子离开。但粮食储备不够，女人们知道自己会拖累男人们的战斗。几个刚刚过完成人仪式的少年送他们离开，他们向少年道别：“我们会在彩虹桥的另一头等你。”
