△营救伊莱
但是戈登和艾利克斯意外的发现朱迪斯莫斯曼在暗地里和联合军联系，这让艾利克斯愤怒不已，同时他们也发现联合军开始向诺瓦矿场派兵增援，要想离开这里并不容易，他们计划通过诺瓦矿场内一台研发尚未成熟的传送设备将他们传送回克莱纳的实验室，而途中二五仔莫斯曼却拉上伊莱抢先一步传送到17号城市的暗能城堡里，留下戈登和艾利克斯
艾利克斯赶紧重新启动传送设备，在极其缓慢的充能后戈登和艾利克斯进入传送设备，并在大批联合军精英士兵攻入时成功传送回克莱纳的实验室
来到实验室，在和克莱纳交谈后他们发现，由于联合军的传送设备尚不成熟导致他们在传送的过程中时间发生了扭曲，他们传送到实验室时已经是一个星期后，同时戈登和艾利克斯完成传送后传送设备发生了爆炸直接炸毁了诺瓦矿场，而这座联合军用于改造人类的恶魔监狱炸毁后被压迫已久的人们终于燃起了起义的号角，大规模的起义席卷了整个17号城市，人们纷纷拿起武器加入反抗军一起对抗联合军
- 跟着弗里曼！
这次进攻诺瓦矿场让所有人知道20年前仅用一根撬棍就结束了黑山事件的战神弗里曼终于归来！而这次戈登炸毁诺瓦矿场后，他在人们心中的地位已经不仅仅是结束了黑山事件的英雄，更是人类抵抗运动的精神领袖，只要戈登一加入战斗所有的反抗军都会追随戈登并听从指挥进行战斗，起义运动也在戈登的带领下如火如荼的进行着
出了实验室后戈登就带领反抗军同联合军展开了巷战，途中艾利克斯在侦查时被联合军抓走，戈登在一番战斗后和巴尼汇合，巴尼计划先攻入17号城市的军事中心“装甲核心”大楼，让联合军失去指挥和调动能力后再将城内被孤立的联合军清剿，最后拿下暗能城堡救下伊莱和艾利克斯。
△装甲核心大楼
随后戈登在巴尼和反抗军的协助下成功攻占装甲核心大楼，并将大楼外部的三角机甲击毁后向市纪念碑推进，战斗到最后他们来到了暗能城堡外部的城墙边，巴尼和反抗军留在城市继续同联合军战斗拖住增援，戈登则只身一人进入暗能城堡
- 进入城堡
在暗能城堡里，戈登武器被清除力场全部销毁，重力枪却与清除力场发生了反应，被强化成了暗能重力枪，戈登用重力枪*穿所有赶来联合军，但由于不清楚路线，本想乘坐城堡内的轨道运输来前进结果被布林发现给连人带架子拉进了办公室
△一家人码的整整齐齐的
在布林的办公室里戈登见到了二五仔莫斯曼，还有被囚禁的伊莱和艾利克斯，布林威胁伊莱让城市里的反抗军停止反抗，否则就将他和艾利克斯扔进传送门里，而两人都是毫不屈服，最后布林决定把两人送进传送门，并希望和戈登妥协，让戈登成为城市的领导者为他工作同时平定城市里的暴乱
然而*死伊莱并不是莫斯曼想要看到的结果，很多关于传送设备的研究都需要有伊莱才能完成，而且这二五仔似乎对伊莱有些感情。就在两人准备被送进传送门时莫斯曼再次叛变（没错，在反抗军和联合帝国间反复横跳，可谓是二五仔中仔），用艾利克斯的手持EMP捣毁了设备，救下了艾利克斯和伊莱，布林老贼趁机开溜，戈登和艾利克斯一路猛追
连自己的办公室都失守了，布林现在只想逃离地球，他在和联合军探员取得联系后打算用传送门开溜，而戈登拿着重力枪吸入能量球对着城堡反应堆一阵狂射，最后传送门爆炸，布林也被炸成了灰烬，正当艾利克斯和戈登正准备离开时暗能城堡的反应堆却发生了爆炸
然而爆炸瞬间时间却停住了，Gman走了过来，告诉戈登在如此短的时间里做了非常的多的事，改变了不少东西，他非常满意并打算将戈登再次放入时间停滞空间等待委派任务再放出（工具人戈登）
至此，半条命2剧情结束
时间：城堡爆炸后登场作品：
半条命：第一章（2006）
正当Gman准备将戈登再次放入时间停滞空间时，一群伏地岗人联合施法断绝了Gman对戈登的控制，这才让戈登免于被扔进时间停滞空间，Gman看到这番场景有些惊讶但很快镇定并告诉戈登“我们走着瞧”后就离开了
△伏地岗人进入到Gman的空间内
伏地岗将戈登和艾利克斯带出城堡外，他们还遇上了阿狗，随后他们成功与伊莱和克莱纳取得联系，从他们那儿也得知，城堡随时可能再次发生爆炸并且波及整个城市，而艾利克斯和戈登现在要离开城市已经没有足够的时间，克莱纳提议干脆直接进入城堡干涉反应堆核心，延缓爆炸让戈登和艾利克斯以及城里的市民有足够的时间撤离
- 再次进入城堡
没办法，戈登和艾利克斯只得再一次进入城堡，他们在阿狗的帮助下成功进入城堡内部，一路前往核心处
他们进入城堡时意外的发现，联合军依然驻守在即将爆炸的城堡内部丝毫没有撤退的迹象，像是在保护什么东西，而从核心控制室的数据来看联合军甚至直接关闭核心的保护力场加速核心的熔毁，种种迹象表明联合军似乎想爆炸来达到某些目的，而戈登和艾利克斯在解决掉驻守的联合军后直接进入了核心控制室
