△暗能城堡
随后联合帝国开始对人类进行残暴的高压统治，用其先进的生物科技将人类洗脑改造成仅效忠于联合帝国的傀儡士兵，这些士兵组成的联合军将剩余的人类全部囚禁在一个个以数字命名的城市里，强迫人类出卖劳动力。而在城市外被分为无人区，这些无人区大多被xen生物侵占，不再适宜人类生存
联合帝国在高压统治人类的同时，开始疯狂地掠夺地球上的石油、水资源等，这也造成了海平面下降、能源枯竭、野生动物几乎灭绝，地球自然环境急剧恶化
△被污染的运河
还有一小部分人不满于联合帝国的残暴统治，一直在对抗联合帝国，他们组成的组织被称为反抗军，但是受联合军高强度的镇压，他们一般只在城市下水道，郊区等比较隐蔽的地方进行活动，以便避开联合军的搜捕。反抗军在对抗联合军的同时，也一直在城市里帮助一些难民逃离城市，安置到城市外的反抗军据点
而就在这个时候，Gman将戈登从时间停滞空间里唤醒，并且告诉戈登现在是人类文明存亡的危机时刻，希望戈登能带领人类对抗邪恶势力，说完便把戈登传送到驶向17号城市的火车上
- 进入地点
下了火车后，戈登发现这个世界已经和黑山事件前完全不同，人类被高压统治，生活苦不堪言，几乎没有任何自由，他一路来到了通往诺瓦矿场的列车前，就在他准备上车时，一名国民护卫队拦下了他，在把戈登带到了一间单独审讯室里后，摘下了面罩，原来是之前和戈登在黑山基地里一起工作的老朋友警卫巴尼，巴尼告诉戈登，他在国民护卫队做卧底，发现戈登就要登上列车赶忙把他拦了下来，随后联系了克莱纳博士后，戈登立即前往克莱纳博士所在的实验室，由于不熟悉路线戈登被一群国民护卫队围攻并打昏，被随后赶来的艾利克斯救下后来到了克莱纳的实验室
△团聚
实验室里，戈登见到了之前的导师艾萨克克莱纳博士，随后戈登穿上了经过克莱纳改进后的第五代HEV（马克5），克莱纳在和反抗军首领伊莱凡斯博士（艾利克斯老爹）取得联系后，计划用传送设备将艾利克斯和戈登传送到位于17号城市郊外的黑山基地东区与伊莱汇合
黑山基地东区其实并不是也不属于黑山基地，那只是一座位于17号城市工业区外的水力发电站，联合军攻占地球后，反抗军将这里改造成为主要据点，同时伊莱也在这里进行传送设备等其他研究，整体规模虽然相比黑山基地小了非常多但功能相似所以被命名黑山基地东区
传送设备成功地将艾利克斯传送到黑山基地东区，而轮到戈登时，克莱纳的宠物拉玛（一只猎头蟹）跳进传送设备导致设备出现错误，随后戈登被传送到各种地方，甚至直接传送到布林的办公室里，布林见到戈登相当惊讶并准备叫来卫兵时，戈登再一次被传送，最终戈登还是安全的传送回了实验室，克莱纳告诉戈登现在赶紧前往黑山基地东区，联合军正在调查这个区域，随后戈登在离开时接上巴尼给的撬棍，进化成最终形态
而布林在亲眼目睹了戈登被传送到他的办公室里之后甚是慌张，立即下达命令全城通缉戈登弗里曼。而戈登这边由于传送失败，戈登只能先步行前往存有一艘汽艇的反抗军据点，随后驾驶汽艇穿过17号城市的运河直接前往黑山东区，虽然路途中不断的有国民护卫队前来追捕，但戈登还是成功的到达了黑山东区
- 短暂团聚
在黑山东区戈登认识了和伊莱一同进行传送技术研究的朱迪斯莫斯曼博士，同时见到了伏地岗人和人类一起过着正常生活。原本这些伏地岗人一直被尼赫伦斯所控制并奴役，戈登为了关闭传送门把尼赫伦斯*掉后这些伏地岗获得了自由，也正是这样他们非常的崇拜戈登，将戈登视为救世主，来到地球后他们加入了反抗军和人类一同对抗联合帝国
众人集合后，伊莱先让艾利克斯带戈登到废料场试用零位能量场牵引器（重力枪），艾利克斯叫出了她的机器宠物阿狗和戈登一起练习使用重力枪，正当他们玩的正嗨联合军突然袭击了黑山基地东区，伊莱被抓，艾利克斯让戈登先前通过莱温霍姆到海边的反抗军据点集合
莱温霍姆原本是一个矿业小镇，因为临近黑山东区而被反抗军用于安置从城市逃难出来的难民，但是后来这里被联合军的生物炮弹袭击而导致这里的人类被猎头蟹寄生变成了恐怖的僵尸，后来黑山东区就封锁了通往莱温霍姆的通道
△莱温霍姆
戈登在穿过充斥着僵尸的莱温霍姆时遇上了这里唯一的活人⸺⸺格力高利神父，在神父的帮助下戈登得以离开莱温霍姆并到达反抗军的海岸基地，同时通过当地的电台和艾利克斯取得联系后得知，联合军抓住伊莱后将其关押在诺瓦矿场（新星道监狱），艾利克斯要去营救同时希望戈登能帮助她，戈登二话不说开上载有粒子炮的侦查车沿着海边公路驶向诺瓦矿场
- 营救行动
前往诺瓦矿场的路上戈登遇上不少蚁狮和联合军的攻击，同时也经过了一些反抗军据点，得到了不少帮忙。在击*蚁狮守卫后，伏地岗人从其身体中提取到信息素囊，用于迷惑蚁狮从而帮助戈登进行战斗，有了大量蚁狮的协助戈登得以顺利攻入诺瓦矿场，并成功和艾利克斯汇合，将伊莱救出
