相比纪君祥的元杂剧而言，影片《赵氏孤儿》改变了精神内核，不再是传统意义上英雄人物崇高而悲壮的选择，而是一个小人物掉入大漩涡的故事。元杂剧是高度鲜明化和理想化的，电影试图让人物高度人性化和立体化，以现实的角度解读历史事件，但主题和线索却有些错乱。
影片中赵盾（鲍国安饰）和屠岸贾（王学圻饰）都是晋国的权臣，明争暗斗已经持续了很长时间。屠岸贾设计陷害赵盾，言其毒*晋灵公，灭了赵氏全族。赵朔（赵文卓饰）妻子庄姬公主（范冰冰饰）是晋灵公的姐姐，屠岸贾对其有情，不忍下手，对孩子却一定要斩草除根。庄姬目睹夫君赵朔身亡，悲痛中拼死生下婴儿，恳求医生程婴（葛优饰）将其交给中大夫公孙杵臼（张丰毅饰）。屠岸贾的部下韩厥（黄晓明饰）奉命搜捕孩子，庄姬苦苦哀求后自尽，韩厥说孩子没出生就和庄姬一起死了，屠岸贾得知真相后砍瞎了韩厥的一只眼睛。
程婴将孩子带回家中，屠岸贾以全城婴儿性命来威胁藏匿赵氏孤儿的人。程婴妻子（海清饰）也刚刚产子，官兵搜捕时她抱的是赵氏孤儿，被当成程婴的孩子抓走，而程婴的孩子以赵氏孤儿的身份被公孙杵臼接走。
所有父母都来认领自己的孩子，程婴来迟，屠岸贾生疑，知其与赵氏孤儿有关，在屠岸贾胁迫下程婴说出赵氏孤儿的去向，他以为公孙杵臼已将孩子送出城。可没想到的是，城门封锁，程婴的妻子和孩子藏在夹壁墙中，被屠岸贾搜出并*害，公孙杵臼也因此殒命。
程婴救赵氏孤儿是主观意愿，但用自己的孩子换赵氏孤儿却是阴差阳错，他没有任何机会说出真相，因为屠岸贾会在分不清真假的情况下将两个孩子一起*死。他招出公孙杵臼也出于无奈，因为他不想一百个婴儿因此丧命。
影片中的程婴是个小人物，他当初并没有想到，为了他的善念，妻子和儿子会付出生命的代价。程婴的行为与元杂剧相比，变主动为被动，是人性化的诠释，影片以当代人的视角进行解读，有其合理性。
当陈凯歌导演改变了元杂剧前半部分重要的剧情，就需要同时改动后半部分进行呼应，因为人物和主题前后应为一体。遗憾的是，后面采用了元杂剧剧情，程婴携子程勃做了屠岸贾的门客，他忍辱负重将孩子养大，为的是告知真相，让程勃亲手*了屠岸贾。
他心中的仇恨可以理解，毕竟屠岸贾的官兵在完全没有必要的情况下*了他妻子，但就剧中程婴的人物形象而言，他不是元杂剧中为朋友两肋插刀满腔热血的英雄人物，他本质上不是为赵氏复仇，而是为自己家人无辜惨死而雪恨。他懦弱、平庸，甚至不具备复仇的能力，更不会选择一种极端的复仇方式。电影情节和元杂剧剧情生硬拼接，并不贴合，一定程度上已经扰乱主题。
影片结尾程勃的情绪转变缺少交代，他得知真相后气愤地和屠岸贾厮*一阵，程婴和屠岸贾说“你该*的是我”，屠岸贾告诉他让开但他不动，于是屠岸贾一剑刺中他，之后程勃又一剑*了屠岸贾。这一镜头莫名其妙，给人感觉非常仓促。一句话点评：编剧编蒙了，导演导蒙了，观众看蒙了。
影片前半部分情节是顺畅的，本人试图理顺一下后半部分，保留人性的主题并将其放大，融合原情节改动如下：
庄姬临死前交代，不要告诉孩子父母和仇人是谁，让他过老百姓的生活（原情节）。程婴牢记嘱托，但为了给家人复仇，做了屠岸贾的门客。本来他不想将孩子牵扯进来，可屠岸贾偶然间见到了程勃，甚是喜爱，将其收为义子。程婴一方面千方百计保护孩子以防真相暴露，另一方面寻找机会对屠岸贾下手（改动情节）。可老谋深算的屠岸贾回想当年夹壁墙中母子相依的情景，得知眼前的程勃才是赵氏孤儿（原情节）。他对程婴一直有所戒备，程婴下毒也被他及时发现。他出于愧疚放过了程婴，毕竟当年他的部下滥*了程婴妻子。程勃得知身世，想对义父下手，最终放弃（改动情节）。程勃在战场遇险，屠岸贾救了程勃（原情节），最终死于韩厥箭下（改动情节）。
改动之后，程婴就是个平庸而悲情的人物，甚至无法左右自己的命运，他的一切选择都是境遇使然，但他善良、隐忍、慈爱，同样有感染力。屠岸贾做事狠绝，但内心也有柔软的一面，当年真相存疑，他没有同时*掉两个孩子，如今也放过了程婴父子。他的死是一种必然，此种方式是对他曾经罪恶的救赎，也符合韩厥单纯的复仇心理。
简而言之，元杂剧的主题是忠义，影片的主题可以选择人性或复仇，但是，只能按照其中一种来设定人物形象并展开情节，以避免交错表现的混乱之感。
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