海底的故事纷杂多彩，阿龙随着鹦鹉螺号在太平洋下四千米穿行，看到凄惨海难后的沉船；在万尼科洛群岛揭开18世纪两艘法国探险船只失踪真相；
在地球上最危险的托雷斯海峡触礁搁浅，还用电吓退了攻击潜艇的土著人。
在阿龙和仆人康赛尔和捕鱼手尼德兰被强制入眠不久，一名水手不幸去世，悲痛的尼摩要举行海底葬礼，阿龙由此有机会见到了海底的珊瑚王国。
在隐秘的珊瑚礁中有一片隐藏的墓地，珊瑚虫会慢慢把墓穴包裹起来，让逝世的水手不会受到世人和鲨鱼的打扰。
鹦鹉螺号继续在印度洋穿行，阿龙见到了基灵岛、“船蛸”以及孟加拉湾漂浮的尸体和一望无际的“牛奶海”
锡兰岛采珠人“鹦鹉螺号”航行到了锡兰岛海域，尼摩带阿龙等人去参观采珠场。
并介绍了最原始的采珠法：往软体动物的肉囊里放一小块玻璃或金属，软体动物就会在异物疼痛的刺激下不断分泌珍珠质，包裹住颗粒物，形成珍珠。
珍珠象征着美好和财富，但是它的产生过程和采摘过程都带着血色。
采珠人通常不穿戴任何防护设备潜入海中，不仅耳朵和眼睛常常充血，还经常会遇到鲨鱼的袭击。
鹦鹉螺号航行到了红海，尼摩向阿龙纳斯介绍起红海名字的由来。
相传摩西带领以色列人逃出埃及，来到海边，他把耶和华赐予的手杖伸向大海，海水立刻自动分开，退出一条通道让以色列人通过，法老军队急忙追入海底，摩西等以色列人上岸后再次伸出神杖祈祷，海水重新合拢，法老这边全军覆没，鲜血染红了海水，红海由此得名。
当然这只是神话传说的故事，事实上，红海会季节性的出现红色的藻类，看起来像是被血染红，因而得名“红海”。
