与公安部开始讨论拍摄是在2013年，剧组前后准备了二十余稿剧本，因为政府立场与层层审批，《湄公河行动》的剧本研讨了很长时间，其间林超贤又去拍了其他片子，他只有一条坚持：“如果我要的内容都不能拍，那就算了。”
事实上，《湄公河行动》最终呈现的尺度有所突破，娃娃兵、吸毒、*俘虏、爆头、人肉炸弹，不乏血腥暴力。看过电影之后，片中张涵予饰演的缉毒队长高刚的原型、时任“10.5湄公河案”专案组组长刘跃进给出高度评价，他说看完电影之后感觉非常真实，展现了公安干警八九个月在境外抓捕的整个过程，对电影呈现出来的商业大片面貌他用了一个词叫“耳目一新”。刘跃进也是《湄公河行动》的总顾问。
张涵予有很多打戏，他一度表示林超贤用生命拍片的方式“有点折寿”，他也总问自己：“我不是武打演员，怎么现在老拍打戏？”《追捕》中也有很多动作戏。
林超贤在电影首映式后对时光网记者说：“因为看文字和看画面，不是一种感觉，比如彭于晏那样的情报人员，在国外缉毒前线工作，做出一些超越规则的事，他们就可能会联想到外交层面。但电影是靠故事带观众走的，坐到电影院里，他们其实也变成了普通观众，我就可以让他们的思维维持在电影最终的结果上，看完就会懂。”
剧组亲赴金三角，担心毒贩会报复
林超贤示范拍戏，他曾深入金三角地区考察，亲眼目睹毒贩的家庭环境
以往影视剧里曾大量表现金三角地区，为了拍到不一样的内容，林超贤专程前往金三角考察，他们一行七八人找前线情报人员带路，去到金三角一个靠近老挝的小村子，有线人来接应。那里有毒贩的船只、家人和孩子。村里的房子都特别漂亮，每一家都是两三层楼，有两三台汽车。当然，这种考察都是秘密进行的，只能偷看，不许拍照，因为那些小圈子里住的都是像糯康那样的毒贩的家人，其实那是一片很贫穷的区域，只是这个村子非常有钱。
《湄公河行动》片场，剧组拍摄地都是山沟河道和深山老林
林超贤坦言，其实与“探秘金三角”这个刺激的主题相比，去到那个村寨最大的感受是“危险”，那是个残酷的世界，就像他为什么要把娃娃兵放进电影里，前线警察在与糯康的交手过程中，确实出现过这些小孩子，他们很小就被抓去、洗脑、再被毒品控制，“所以关于审查的问题，我不是要哗众取宠，而是这些对我来说真得感受强烈，应该让观众看到毒贩除了贩卖毒品、催生吸毒人群、影响社会的价值观，背后的问题也非常严峻”。
