剧组真砸了马来西亚一家商场，后来赔了很多钱
最初电影打算在老挝和缅甸拍摄一部分，当时主创人员也会担心，会不会有一些糯康的余党，“知道中国人来拍这个电影，教训一下你们”。林超贤说，如果那时真得遇到危险，可能就不会拍了。后来因为电影有很复杂的动作戏，不是每个地方都能配合，最后剧组敲定在泰国和马来西亚拍摄。为了一场诱捕大毒枭之子拿突的戏，剧组真砸了马来西亚一家著名商场，这场戏搭景花了两周，前后拍了8天，拍完后挨家商户清点赔钱，搞得于冬直说“太贵了”。
林超贤被巨型蜈蚣咬伤，腿一度麻痹，工作人员本以为当天就提前收工了，结果他瘸着腿打了一针又回到片场继续拍
当然，林超贤的更多素材还来自缉毒一线的干警。他与在西双版纳等地的边境缉毒警察做过不少采访，“毒贩怎么进来、遇到过怎样的危险，听他们讲的时候就非常有电影的感觉”。包括湄公河案专案组组长刘跃进“也说了很多不能说的秘密”，这些没有公开的抓捕方法都在电影中或真实、或用艺术创作的手法表现出来。
真实抓捕糯康是“一路抓一路放”，电影很戏剧
片中的大毒枭“糯卡”。在真实抓捕之前，国际刑警只有糯康一张模糊的照片作为线索
《湄公河行动》的动作戏很密集很林超贤，“三不管”营救和商场火拼两场戏更将气氛推向高潮。但实际上，抓捕糯康的过程并没有这么戏剧。
反派海报，林超贤透露片中糯卡的儿子拿突为虚构
于冬谈到，抓捕糯康有个“一路抓一路放”的过程，糯康是缅甸籍，泰国人，如果在泰国境内抓他，按照国际惯例要交给泰国警方审判，如果在缅甸抓了则要交给缅甸，因为糯康罪行累累，哪一个国家的审判都够他毙他几轮的，轮不到中国为13名船员审判，所以必须一路抓，一路放，放掉他的同时还要把他赶到第三国实施抓捕。
东盟国家基本上与中国都是友好国家，但是跟中国更友好的是老挝、柬埔寨，只有到老挝、柬埔寨才有可能通过外交努力把他引渡，首先选择受害方中国来审判他。所以最后糯康是在老挝抓捕的，这个过程是智勇双全的一次展现。
谈到如何确定电影的视角和切入点时，林超贤非常看重《湄公河行动》的“节奏”。因为在一两个小时内呈现抓捕糯康的过程根本不可能，要考虑什么内容放在电影里最好看，哪些抓捕情节有更多空间去进一步设计故事，所以他花费最多精力的部分，就是把所有能用的素材变成电影里的动作环境，然后用紧密的节奏表现出来。林超贤直言，香港拍了这么多年的警匪片，没有一个题材能做到《湄公河行动》这种节奏，因为是真实案件，怎样用一个最密集的方法把这些故事推进，是最难的。
