但是孟星魂却发现自己早已经是深深爱上了冷燕，他不忍心这个女人就这样消失在这昏暗而又腐臭的悬崖下，于是他抛弃了自己身为*手的冷酷，一个信仰之跃，下去找冷燕了。
就在找到奄奄一息的冷燕之后，屠城突然又出现了，原来这一切都是屠城在搞鬼，他委托高老大刺*范璇，而高老大找到了孟星魂。屠城这么做不是为了让星魂*范璇，而是为了让孟星魂制造混乱，好赢得范璇的信任，自己亲自动手*了他，从而坐上分舵住的位置。
在金华城的夜猫子也是屠城的手下，就为了能够给孟星魂制造声势，让范璇更加紧张，而肖安就是看透了屠城的伎俩，才会对孟星魂说出那些话。
最后自然就是屠城被打倒，但是这也意味着世上不会有多一份解药，在故事的最后，孟星魂将解药留给了冷燕离去，但是冷燕却把解药丢下了悬崖，独自一人等待死亡...
其实冷燕这个人很奇怪，因为游戏并没有说明为什么冷燕到底是谁，但是从剧情中我们能够猜出，冷燕也是屠城的*手，目的就是为了阻碍孟星魂，从她每次都能跟孟星魂相遇就能证明，这个人跟屠城必定有关系。
虽然游戏的剧情并不特别，但是这并不重要，重要的是虽然《流星蝴蝶剑》是一款动作游戏，但是它通过一个简短的剧情，却能将江湖中的儿女情长表现得淋漓尽致，在当年那个年代为数不多得硬派加温柔得武侠游戏。
所以在之后，玩家自制了一个《流星蝴蝶剑》的后传，在这里孟星魂并没有死，而是被从身边飞过的蝴蝶所救，开始了全新的闯关。
当然对于情怀玩家来说，闯关中的剧情远没有结局重要，所以在结局中，孟星魂和冷燕在打败了范璇之后，便退隐江湖，过上了与原作完全不同的生活。
