为了尽快平息众议，慈禧命钦差大臣胡瑞澜复审。
对现在的胡瑞澜来说，这个案件最大的问题就是口供和之前有出入，要结案，只要把口供做实就行。
于是，他又对杨乃武、小白菜再施酷刑，连夜进行熬审，杨乃武的两腿被夹折，小白菜的十指也被拉扯脱臼。
两人最终因为受不过刑罚，又翻回原供。
但今时已经不同往日，舆论加入了！
当维持原判的结果出来后，《申报》立刻予以报道，民众议论纷纷。
浙江地方上的举人，杨乃武的好友等30余人联名向督查院和刑部控告，指出杨乃武案件从县衙到知府，再到钦差大臣，经七审七决，都是用酷刑逼供，屈打成招。
此时，18名浙江籍在京官员也联名向督查院提交诉状，请求刑部直接审理这个疑难大案。
星星之火已成燎原之势，慈禧太后再也不能坐视不管。
于是，慈禧第二次下谕旨，要求“刑部彻查！”
刑部官员审查之后，疑点一个个显现：
首先，葛品连“中毒身死”这一结论很模糊，刑部请旨要求将葛品连的尸棺运到京城，重新查验。
其次，杨乃武的不在场证明是否属实？
再者，葛品连死前患病是否属实？
为了查明真相，刑部将相关人员一一审问，层层盘问之下，真相终于显露：
验尸人沈祥在使用银针之后未用皂角水擦拭，沈祥并不知道是否是砒霜中毒；
沈喻氏和郎中都证实葛品连死前确实已经患病；
杨乃武的好友证明杨乃武十月初三到初六都在南乡；
此时药铺相关人员证明杨乃武并没有买过砒霜。
此案实在是无需再审了，证明杨乃武和小白菜的清白，只需开棺验尸即可！
1876年十二月初九，刑部尚书率领刑部官员、羁押全部人犯到海会寺内开棺验尸。
棺木打开，一股尸臭扑鼻而来，人死已经3年有余，仅剩骸骨。老练的仵作朝里一看，即下言断定“病死的”。
刘锡彤仍不愿承认，他指着几块骨头大喊“这是青黑色”。
仵作却说，“人死三年，外边青黑是发霉所致，挫断骨头，里边黄白色；如果是中毒身亡，里面应该也是青黑色。”
铁证如山下，刘锡彤只能摘下顶戴，跪在刑部各官面前，伏地认罪。
后来，冤案制造的主犯刘锡彤被流放，浙江其他涉事的100多名官员一律被革职，永不录用。
浙江官场上的官官相护，让慈禧既后怕又担心，因为这些人正是曾国藩的手下。
正好借着“杨乃武与小白菜”一案，慈禧狠狠收拾了曾国藩的势力。
为此，她还在民间获得了“为民做主”的好名声，可谓是一举两得。
1877年2月16日，慈禧降旨，杨乃武和小白菜终于得以无罪释放！
但在谕旨中，慈禧却又说：
小白菜与杨乃武同桌吃饭，不守妇道，杖八十；
杨乃武和小白菜同食，诵诗读经，不知避嫌，杖一百，不予恢复举人身份。
虽然两人重获清白，但在世人眼里，两人是有错在先。
错在哪里？
四个字：同桌共食
男女同桌吃饭，便是不懂避嫌，便是有罪。
这在今天来看，简直不可思议，然而在封建思想之下，这竟然毁了两个年轻人的一生。
杨乃武和小白菜出狱后，从此一拍两散，再无瓜葛。
出狱之时，杨乃武已经37岁了，双腿被打断，仕途功名皆与他无缘。
好在杨家世代养蚕，还有手艺傍身，在贵人胡雪岩的资助下，杨乃武赎回几亩桑田，潜心养蚕。
他还培育出“凤参牡丹”的蚕种，名扬杭嘉湖一带，后半生衣食无忧，但到底是意难平。
1914年，杨乃武因为患疮疽不治身死，终年74岁。
据说，他死之后小白菜还曾去送葬。
