诛仙故事背景以“天地不仁，以万物为刍狗”为主题，讲述了青云山下的普通少年张小凡的成长经历以及与两位奇女子凄美的爱情故事。
故事是从一个叫做张小凡的普通少年开始的。机缘巧合，一位天音寺名为普智的高僧在临终前传授给他天音寺不外传的真法大梵般若，希望能在张小凡身上圆自己佛道双修，参透生死的梦。后来草庙村遭到血腥屠*，小凡和林惊羽被名门正派青云门收留。
资质愚钝的张小凡进入大竹峰后，武艺修行进展缓慢，在一次砍伐竹子的过程中，张小凡和田灵儿为了追逐一只三目灵猴，而入青云山深处，无意间，张小凡以自己的精血将两个至邪之物嗜血珠和摄魂炼成一个法器，张小凡不知，只将其用来烧火，于是称之为烧火棍。
在此后青云的七脉会武中，最不被看好的张小凡凭运气和烧火棍的邪气，竟然进入前四，达到了大竹峰有史以来的最好成绩。在比武中，他邂逅了小竹峰中冷艳绝俗的陆雪琪并败在她手下。后来，比试前四名去空桑山调查魔教异常之事，小凡、雪琪落入死灵渊，在危急时两人不离不弃，互生情愫，后被黑水玄蛇打散。
张小凡落入滴血洞，在洞中认识了魔教鬼王宗宗主女儿碧瑶，并无意中习得魔教天书。在第一次正魔大战中，因碧瑶不顾生死以痴情咒为他挡下诛仙剑阵，所以张小凡叛出青云加入魔教，更名鬼厉。十年间，鬼厉*人无数，冷漠嗜血的同时他也走遍大江南北，寻求复活碧瑶的良方。
十年后，鬼厉与雪琪再次相遇，在多番生死患难中相爱越来越深，但苦于正邪两立，不得不兵刃相向。在此之后，鬼厉结识并解救了因偷玄火鉴而遭囚禁的九尾天狐小白，两人潜入苗疆寻求使碧瑶复活的方法。历经艰难找到苗疆大巫师，无奈大巫师油尽灯枯，还魂术并未成功期间，南疆兽妖开始大举北进，天下生灵涂炭。兽神一路血腥*戮至青云山，终败于诛仙剑阵之下，败退至南疆镇魔洞，正魔两道纷纷攻打兽神镇魔洞中，鬼厉雪琪合作历经艰险最终战胜兽神。在苗疆的夜空下，两人不管明天，忘却世间的牵绊，轻轻地相拥。
后来鬼王不顾众人死活，炼就四灵血阵。后在四灵血阵大功告成时，引发狐歧山崩塌。碧瑶肉身从此失踪，下落不明，只留下一角绿色衣裳。张小凡因此大受打击，后在陆雪琪的呵护以及小白的打骂下重新振作，在古剑诛仙的召唤下来到幻月洞府，成为诛仙剑的新主人且同时习得天书第五卷，在第二次正魔大战中，*死了鬼王，拯救了世间百姓，在与陆雪琪失散后，回到草庙村，两人终又重逢，四目对视，温情而笑。
