金庸在新修版《倚天屠龙记》更记载了一件有关《九阴真经》的事，指王重阳与一名曾为儒为道为僧的人赌酒而败，该人因此获得披阅《九阴真经》的机会，并写下《九阳真经》。前后两件事使得王重阳为救江湖群雄而取真经的仁义形象大受影响。王重阳在将死之前，发现西毒欧阳锋在终南山出没，意欲盗取真经，遂假装逝世，引欧阳锋来袭，乘机以附有先天功的一阳指损伤欧阳锋的蛤蟆功功力。再将《九阴真经》交给师弟老顽童周伯通保管。
周伯通与东邪黄药师打赌而败，将《九阴真经》借给黄夫人。黄夫人有过目不忘的记忆力，竟将《九阴真经》记下。但周伯通由此启发，只读不练。后九阴真经下卷被梅超风，陈玄风偷出岛外，两人习得经书上的武功，成为名震江湖的黑风双煞，后陈玄风将经书上的武功刻至自己的背上，朱聪无意中偷到梅超风上的下卷交给郭靖，直至郭靖出现，周伯通一方面为能一睹真经武功的威力，一方面为戏弄对《九阴真经》深感厌恶的郭靖，竟欺骗郭靖练习真经上的武功，更要郭靖背下全文。
郭靖得到九阴真经后，修为日进，但梵文总纲却不能解。在机缘巧合下，黄蓉被裘千仞打伤，为救黄蓉，郭靖往找南帝一灯，得一灯帮助，解通梵文总纲。由是修为日进，几可问鼎天下第一高手之位。与此同时，西毒欧阳锋被黄蓉欺骗，逆练真经，居然也有所成，并以逆练的武学，成功击败东邪、北丐，逼得二人承认自己是天下第一高手。
《神雕侠侣》时，杨过和小龙女二人在偶然的机遇下，也练成部分真经武学。及后，郭靖所守的襄阳城被攻破，城破之前，郭靖将九阴真经笔录，藏在倚天剑内。传之后世。《倚天屠龙记》「屠狮大会」上，周芷若就凭九阴真经上的武学，加上张无忌大意心软，成功取得天下第一高手的名衔。
