如果说第一部书是一个女人因恨而毁灭地球，那第二部书说的就是一个男人拯救地球的故事。《黑暗森林》是第二部书名。
叶文洁在女儿杨冬的墓前遇见了杨冬的同学罗辑。叶文洁终于知道了三体文明邪恶的内心其实尤甚于某些地球人，同时也明白了自己被变态的伊文斯所利用，出于对自己行为的忏悔以及对自己所犯错误的弥补，叶文洁和罗辑做了一番谈话，她将对付三体人的不很成熟的策略暗示给罗辑。
同时，因为质子的无处不在，对付三体人的计划都将成为对三体人的现场直播，地球世界的管理高层在这种大背景之下，悲观主义心态由此滋生。然而，只要不放弃，就会有希望，地球人通过缴获的eto组织和三体人信息交流的内容得知，他们对地球人的“想”和“说”理解为同一个意思，三体人这种有生具来的短板，是因为他们没有语言，用脑电波交流，三体人的透明思维，即心中所想，就是口中所说，所以，地球人唯一能隐藏的就是自己的思想。联合国决定开启面壁计划，即面壁人独自苦想对付三体的计划，面壁人的言行不必对任何人解释，而所有人必须执行。罗辑因为和叶文洁的谈话而被质子追*，从而也成为了继其他三个欧美人之后的第四个面壁人。其他三个面壁人紧张地进行自己的计划时，却依次被三体人派出的破壁者所识破，而罗辑却连对应的破壁人都没有。那是因为其他三个人所有的行动暴露了自己的意图。而罗辑却躲在联合国的安全保护伞下无所事事，他才是真正的面壁者。真正的面壁者就是思想者，面壁不动，出手制敌。罗辑终于参悟出对付三体的方法，而且出奇的省事省钱。那就是向三体人发出了一封信，同时用太阳光粒子闪烁，向广褒的宇宙发出一个随意的恒星系坐标。
在大家的嘲笑中罗辑失去了价值，为了验证他的方法，罗辑冬眠了，以便在遥远的未来需要的时候
时间过去了近两个世纪，罗辑被唤醒了，这时的他已经是一个普通的地球人。这个曾经历史上的面壁者，他向三体发出的诅咒更是被当做历史上的笑谈。在他冬眠的这段时间，地球人为了对付三体危机建造了一个庞大的星际舰队群，也耗尽了地球各个国家的财富与地球能源，地球上所有人经历了一段艰难的大低谷时期，地球世界的政治格局形成了一个太空星舰国家与地球国家脱离的局面。而三体舰队在驶向太阳系过程中科技飞速发展，已经更快地逼近着地球。人类社会在这漫长的艰难岁月中，忍耐与煎熬达到心理承受的极限，之后发出了“是要给时间以文明，还是要给文明以时间”的拷问。
当人们对三体危机的恐惧逐渐转变为随遇而安的漠然时，三体人的探测器进入太阳系，它的样子就像一颗水滴������，光洁无比，美轮美奂。只有一辆汽车的大小。地球人总是把美好的表象，当成善意的本质，人们自以为是的认为这漂亮的东西是三体送给地球的礼物，是和平的信号，更多的人甚至愿意和三体共享地球，共享三体人远超地球人的科技过上更为美好的生活。一时间，自我超然与精神的自我提升成为了社会主流。但是，在丁仪前往水滴近距离研究之后，才知这是地球的灾难开始。这种材质超超超超……级密致的东西，用最原始的打击方法，撞击地球舰队就像钢珠撞向了水中一样毫无阻滞，地球人倾其所能，历时一个多世纪的成果，在不到一个小时就舰毁人亡。只有两个舰在背离地球的方向逃离出了太阳系，在这些有着悲观主义思想的舰船*掌控的群体却侥幸活了下来，但是他们沦为永远回不了地球的太空流浪者。在此背景之下，作者刘慈欣把地球上人类世界的内心波动以及因势利导的行为做了客观而细致的剖析。就在水滴要逼近地球，毁灭人类的时候，罗辑为自己挖好了墓坑，他在墓坑旁愤怒地喊话质子，质子幻化人形机器人出现，罗辑要求水滴退出太阳系，他说出了要立即实行对三体的黑暗森林打击的行为，而且马上执行，并要求三体人不能有丝毫条件。原来，罗辑冬眠之前发出的那个星系坐标刚刚被摧毁，那是三体和地球之外的另一个文明所为，证明了罗辑宇宙黑暗森林法则的正确。于是，水滴走了，三体舰队徘徊于太阳系。由此进入了威慑纪元。被世人忽视的罗辑立刻成了全人类上帝式的存在，他掌控着向宇宙发射三体星系坐标的开启权，就等于他掌控着悬在三体和地球人头上的利剑，他，就是执剑人，守卫地球人安全的保护神。再醒来。
在第二部书中，作者刘慈欣列举了很多超前的科学技术幻想，同时，他也对社会科学做了大胆而合理的推想，这是不同于国外的科幻小说，只注重自然科学发展的论述，而忽略人类社会因时而异发展与变化。围绕着主要论述黑暗森林法则的第二部书还是以社会科学的“幻想”来写的。
叶文洁对罗辑说，如果说地球世界是一个独立的社会，那么宇宙也可以看作一个社会，比地球更大一点的社会，三体对地球的征伐，就如同当时欧洲船队对美洲的行为一样，她让罗辑开创一个宇宙社会学……等等。同时，她也提醒罗辑领悟两点宇宙公理，一:宇宙中所有的文明，对他们来说，生存是第一位的。（这和我一直认为的万物都是被DNA所奴役相似）。二：宇宙中所有的物质总量是恒定不变的。由此得出，所有文明的发展与壮大就注定了宇宙物质的占用会越来越紧张。于是，消灭别的文明，是保持自己文明的必要。两个文明的竞争取决于科学技术的高下，而科技的发展进程当中会有井喷式的加速，因为距离太远，所以当发现一个文明时，即使这个文明的水平相当低，那也不能不防范在两个文明相遇的过程中，对方文明因快速的发展而超越自己。叶文洁无疑是一个给地球上的人类引火烧身的人，而她给罗辑所授意的理论，也是她为自己的错误所能做出的一点点挽救。叶文洁所说的观点三体人早已明白，所以会派质子来限制地球科技的发展。这种宇宙公理最终结果会给所有的文明指出，发现一个文明时，最有效最安全的方法就是立即消灭他。而在无限的宇宙中，不止有三体和地球这两种文明，无数很高很高的文明就像潜伏在黑暗森林之中的猎手，一方面极力掩藏好自己，一方面随时准备消灭出现的文明。
在浩如烟海的星际当中，一个文明的存在连灰尘都算不上，只要保护好自己的坐标不被发现，就是安全的。而思想幼稚，自我欣赏的地球人早在上世纪七十年代就向宇宙发出了一个载有地球信息的探测器，上面有几十种地球语言和艺术形态，其中就有中国的闽南语。霍金在世时对此向世界高层发出了警告，现在，这个美国旅行者一号探测器已经飞到了太阳系的边缘，马上接近冥王星轨道。
作者刘慈欣也于此衍生出另一个宇宙法则____猜疑链。由于长期所处的共同环境，这个猜疑链在地球上即使不同的物种也不会存在。那就是，大家都知道黑暗森林法则，当一个文明遇见另一个文明时，首先互相不知道对方是善意还是恶意，如果一方是善意，那么他不知道对方是否知道自己的善意，同时，当对方即使知道自己是善意的时候会采取善意还是恶意的措施，……，同样的道理，对方也会有这一连串的猜疑，于是最直接最有效的还是消灭对方文明。从逻辑上来说，这是绝对正确的宇宙生存法则。最终从宇宙社会学的角度形成了文明生存的一个铁定规则，____妥善掩护自己，快速消灭别人。而罗辑正是利用了这一点，以与三体文明共生共灭的方法威慑了三体文明，地球人与三体人形成了相持状态。
