孙传庭前往士绅地主家里募捐
电影剧情以开封被围为引子，逼迫末代皇帝崇祯从监狱复起名将孙传庭，前往潼关练兵出击，以图解决开封之危。在整饬军务的过程中，发现军兵废弛，武器不堪用，粮饷匮乏，又遇瘟疫灾病，崇祯皇帝急催出关平叛，几乎处处是棘手难题。
另一条故事线，描述的是游医吴又可历经坎坷来到潼关，与恩师医官赵川重逢，由此得以进入军营治病救人。吴又可与恩师在治疗疫病时，产生了相左的意见，在实践中发现了瘟疫传染的线索和原理。在恩师治瘟不幸去世后，都督孙传庭深夜上门，邀请吴又可再入军营治瘟，这位有探索精神的医士，勇敢担负起军营的医病救人重任。
孙传庭深夜上门邀请吴又可
两条故事线的主角，在电影下半段因为瘟疫肆虐，正式产生了交集。
他们的共同目标都是为了天下安定太平，拯救苍生。孙传庭*伐果断救国纾困，吴又可突破常规新式防疫。某种意义上两者都是医生，在有限的能力范围内，医治百姓军队，平乱世求太平。
吴又可与孙传庭对话
大明，终其一朝始终存在着非常严重的财政危机，导致朝廷无粮救济赈灾，也无足额军饷练兵。明朝官僚、皇帝多次试图革新，均告失败。而导致这一切的是明朝财政制度、权力制度、土地制度长期积弊，无法得以真正的改革。皇权统治者和官僚地主阶级，不可能真正割让自身利益，去进行有利于人民大众的改革。
孙传庭查验粮库
电影花费了很多镜头，去描绘孙传庭前往潼关当地的士绅地主家中募捐。影片试图通过士绅阶级，对孙传庭要求的持续敷衍和对抗，来表达大明已经无药可用，病在膏肓。最为讽刺的是，士绅行贿给孙传庭的财物，远比捐献给朝廷的要多得多。在士绅们的眼里，拉拢本属于阶级内部的孙传庭的意义，远大于平叛。但覆巢之下，焉有完卵。
