出狱后的卓凯没有公职，成了自由人。在寻找爆Seed期间接触到了刑事情报科总督察章纪孜，当起她的线人。碰巧她是爆Seed的新联络员，三人加上章纪孜的下属窦亚希，共同破获了器官买卖案。
案件结束后，卓凯老婆，也就是第一部的莫羡晴患病去世。无牵无挂的卓凯走上了爆Seed曾经想走却没走的路：开创新秩序，带领社团慢慢洗白做正行生意。之后他请来了帮手，第二部的郑淑梅。当年外界都以为出生入死的乐少锋死了，和乐少锋有感情线的郑淑梅放下过去，辞去了警察职务，环游世界散心，成了拥有超多粉丝的网络记者。这次在卓凯的召唤下，爽快答应和他一起“搞事业”。
第二部的徐天堂当年被调去做了国际刑警，现在也回归了香港警队，被邀请加入警队新成立的部门安全情报机构。徐天堂和郑淑梅两位好友合租住在一起。至于乐少锋，虽然第二部没死，但因为扮演者的私人问题，他第三部拍摄的戏份已经全部被删，变相等于“死了”。所以现在看到的剧情，每集时长有些不一致。
《使徒行者》三部曲的时间线交代得还算合理，编剧已经尽力埋坑。但是在人物的设定上，还是存在不少Bug。因为第一部欢喜哥的意外大火，第二部前传延续了这个角色。按理说，第一部的卓凯在和欢喜哥打交道时应该很了解他的底细，但两人却显得很陌生。当然这种情况是不可逆的，可以理解。另外就是第一部和爆Seed争坐馆的阿火的扮演者张振朗，到了第三部变成了另一个重要角色，但阿火一角却依然存在，换成了其他演员，有点串戏。编剧明明可以改个角色名字，避免掉这个尴尬。
