到了1503年，眼见时机成熟，艾吉奥正式向波吉亚发起反击：刺*管理家族财政的“银行家”胡安·波吉亚（Juan Borgia），断绝其资金来源；消灭法国将领瓦卢瓦男爵（Baron de Valois），削弱其援军实力；抓住卢克雷齐娅·波吉亚把柄，取得圣天使堡钥匙，并接替马基雅维利成为刺客组织新任领袖。
得知伊甸苹果在教皇手中，艾吉奥重返圣天使堡，却撞见波吉亚父子反目，切萨雷怒*教皇。艾吉奥先行夺得伊甸苹果，借助其力量彻底摧毁切萨雷的统治根基，不久切萨雷被新任教皇儒略二世下令逮捕。
1506年，老友达·芬奇因发现毕达哥拉斯神庙而遭赫耳墨斯主义者绑架，但在其助手萨莱协助下被艾吉奥救出。与此同时，切萨雷在西班牙越狱后投奔纳瓦拉国王胡安三世，次年又领兵围攻比亚纳，却遭遇追踪而来的艾吉奥，一番战斗后被扔下城墙身亡。而早在出发之前，艾吉奥已将伊甸苹果封存在罗马斗兽场地下的朱诺神殿中。
《刺客信条：启示录》剧情承接《刺客信条：兄弟会》，艾吉奥击败切萨雷后回到意大利，偶然发现父亲信中提及位于昔日刺客组织总部迈斯亚夫城堡下的密室图书馆，藏有大量刺客导师阿泰尔留下的知识。
艾吉奥遂于1510年出发，次年抵达迈斯亚夫，不料遭占据此地的圣殿骑士伏击，他们已在尼科洛·波罗日记指引下捷足先登。命悬一线之际，艾吉奥顺利逃脱，又刺*圣殿骑士队长夺回日记，得知需集齐散落在君士坦丁堡的五把钥匙方可开启图书馆大门。
艾吉奥于是前往奥斯曼帝国治下的君士坦丁堡，找寻钥匙的同时帮助优素福·塔齐姆（Yusuf Tazim）领导的当地刺客组织扫清圣殿骑士势力。身居君士坦丁堡期间，艾吉奥结识了意大利书商索菲亚·萨尔托（Sofia Sartor）和奥斯曼王子苏莱曼，前者协助他找到四把钥匙，后者则同他合作打击城内圣殿骑士。
从耶尼切里军官塔里克·巴列蒂（Tarik Barleti）处，艾吉奥得知拜占庭王室后裔曼努埃尔·帕里奥洛格斯领导的圣殿骑士正在卡帕多细亚秘密扩军，意图推翻奥斯曼，重建拜占庭。
不久艾吉奥抵达卡帕多细亚地下城市代林库尤，成功刺*曼努埃尔并拿到第五把钥匙，此时幕后黑手突然现身，竟是苏莱曼的叔叔艾哈迈德王子。艾哈迈德令艾吉奥交出钥匙，被拒后便以索菲亚相要挟并乘船离开。
而当艾吉奥赶回君士坦丁堡，发现优素福已遭*害，爱人索菲亚也被绑走。艾吉奥遂组织剩余刺客发动反击，成功救下索菲亚，随后追至城外，抢回艾哈迈德拿走的钥匙。归来的新任苏丹塞利姆一世处死了艾哈迈德，但也勒令艾吉奥永远离开君士坦丁堡。
艾吉奥和索菲亚来到迈斯亚夫，进入图书馆后只发现阿泰尔的遗骸和另一枚伊甸苹果。艾吉奥意识到图书馆的全部作用就是向戴斯蒙德传递另一则信息，而自己在其中不过是名信使。自知已完成了所有的使命，艾吉奥将苹果留在原地，脱下刺客装备正式宣告退休。尽管看不到戴斯蒙德，艾吉奥仍然尝试与他交谈，希望自己过往的经历能帮助他找到这一切问题的最终答案。
《刺客信条：余烬》的故事发生在艾吉奥晚年，彼时他已自刺客兄弟会退休，与妻子索菲亚和一双儿女隐居托斯卡纳乡间庄园。
1524年，一名自称邵君（Shao Jun）的中国女刺客忽然登门拜访，请求艾吉奥教她如何团结家乡民众及重建被毁的刺客组织。艾吉奥起初拒绝并要她离开，后来还是为其诚意打动，将自己总结的经验倾囊相授。次日二人自佛罗伦萨回家途中遭遇嘉靖帝派来的*手伏击，幸得邵君解围。
艾吉奥断定庄园已不安全，立刻送妻儿往罗马友人处避难，留下他和邵君等待追兵，期间训练她的战斗技巧，当晚二人即协作击退入侵者。第二天早晨，心愿已了的邵君向艾吉奥道别，又获赠伊甸碎片先行者之盒（Precursor box）。不久后艾吉奥陪同家人来到佛罗伦萨，因身体不适暂歇于集市长椅。一名路过的年轻人向他抱怨这座城市，艾吉奥正试图劝导，却疑似心脏病发，年轻人则在安抚他后离开。艾吉奥最后望向不远处的妻女，随即面带微笑溘然长逝，终年65岁。
第三代————康纳（狂战士）
紧接前作《刺客信条：启示录》，现代刺客戴斯蒙·迈尔斯（Desmond Miles）与同伴肖恩·海斯汀（Shuan Hastings）、丽贝卡·克琳（Rebacca Crane）及父亲威廉·迈尔斯（William Miles）已找到“第一文明”（First Civilization）成员朱比特（Jupiter）所示，位于美国纽约的中央密室。戴斯蒙利用“第一文明”古代遗物“伊甸碎片”（Piece of Eden）进入和重新启动密室后被激发“血缘效应”（Bleeding Effect）晕倒在地，随即被送回基因记忆追溯机器“Animus 3.0”，进入其分别活跃于美国革命时期两名祖先之记忆：英籍圣殿骑士祖先海尔森·肯威（Haytham Kenway），以及拥有英国及莫霍克人血统之刺客祖先拉顿哈给顿（Ratohnhaké:ton）。
1754年，海尔森于伦敦皇家歌剧院刺*了一名刺客并夺去其身上的纹章，经圣殿骑士团研究后认为该纹章是开启“第一文明”位于美洲某密室之钥匙，遂派遣海尔森前往波士顿与查尔斯·李（Charles Lee）等人共同寻找密室，过程中海尔森*了一名奴隶贩子并救出多名美洲原住民，包括一名为卡尼耶蒂依翁（Kaniehtio）的莫霍克族女性。卡尼耶蒂依翁在海尔森刺*把她族人赶出土地的英军领导者后把他带至刻有与纹章上相同图纹的洞穴（戴斯蒙众人现今所在地），但海尔森发现纹章并非开启密室入口的钥匙，二人其后发生关系。海尔森回到波士顿向众人报告后开始策划建立美洲殖民地的圣殿骑士分部，并正式邀请查尔斯加入圣殿骑士团。
海尔森与卡尼耶蒂依翁之子拉顿哈给顿不久后出生并逐渐成长。1760年，四岁之拉顿哈给顿与同伴在林中玩耍时被查尔斯逼问其村落位置，拉顿哈给顿拒绝回答后回家但发现村落被纵火，其母也被困火场丧生。九年后村落被重建，拉顿哈给顿按族母指示接触其部族保管的“伊甸碎片”，“第一文明”成员朱诺（Juno）告知拉顿哈给顿其村落及族人将被毁灭，并着他寻找一个符号（刺客组织徽章），族母获悉后指示他寻找刺客宗师阿基里斯‧达文波特（Achilles Davenport）。阿基里斯在拉顿哈给顿的坚持下妥协愿意提供训练，并给予他康纳（Connor）之别名以隐藏其原住民身份。
自1773年开始，康纳刺*各美洲圣殿骑士及阻止大陆军总司令乔治·华盛顿（George Washington）遇刺，其后在协助夺回爱国者被抢夺物资时遇上了父亲海尔森。虽然康纳认为刺客组织与圣殿骑士团目标一致有望合作，但海尔森坚持以查尔斯取代华盛顿领导美国。二人完成任务后与华盛顿会面，海尔森乘机向康纳透露一信件，表示华盛顿因部分原住民暗中协助英军而下令消灭包括康纳族人在内的原住民，康纳获悉后愤然离开二人回村并赶及刺*传达灭族命令的士兵，其后发现村落虽然无恙但已有数名村民被查尔斯煽动前往袭击爱国者，康纳赶在双方发生冲突前击昏所有村民，但其儿时好友嘎纳多贡（Kanen'tó:kon）被查尔斯迷惑而认为康纳站在华盛顿一方与族人为敌，迫使康纳于搏斗中把他*死。
1781年，查尔斯被华盛顿贬黜并藏身纽约乔治堡，康纳在舰艇炮击乔治堡作掩护下潜进堡垒但被波及负伤并遇上了海尔森；查尔斯已携同纹章逃走。康纳随即与海尔森战斗并在将被勒毙之际把父亲刺死，其后在一轮从波士顿码头至蒙茅斯县的追逐后终在一所酒馆内刺*查尔斯及夺回纹章。六个月后康纳回到村落发现所有族人均已迁离，只有“伊甸碎片”被留下，康纳在触及碎片后按朱诺所言把纹章藏起：埋在阿基里斯已故儿子康纳·达文波特（Connor Davenport）之墓中。
