嘉靖三十九年，国库亏空，内阁同司礼监商议，确定了改稻为桑的国策。浙直总督兼浙江巡抚胡宗宪反对执行，郑泌昌、何茂才、杨金水则毁堤淹田，胡宗宪、戚继光分洪，只淹了淳安、建德两县。张知良、常伯熙、李玄被*。胡宗宪、杨金水觐见嘉靖，胡宗宪卸任浙江巡抚，去东南海面抗倭。杨金水留京。
严世藩派高翰文为浙江巡抚，裕王、谭纶举荐海瑞、王用汲出任淳安、建德知县。郑泌昌、何茂才、高翰文、海瑞、王用汲共同执行以改兼赈、两难自解的方案，高翰文、海瑞、王用汲反对大户低价买田。高翰文中美人计，海瑞去淳安处理通倭案，救了齐大柱等人。郑泌昌、何茂才逼沈一石以制造局名义贱卖灾民稻田，沈一石则奉旨赈灾，最终海瑞说动浙江百姓改稻为桑。
织造局买田使得嘉靖震怒，严嵩发急递抄没沈一石家产。结果钱财无多，却牵扯到了沈一石和浙江官府、江南织造局贪污八百万两白银。嘉靖罢免严世藩、高拱、张居正阁员身份，调李春芳，陈以勤入阁，派赵贞吉、海瑞、王用汲审郑泌昌、何茂才。海瑞一审牵扯到江南织造局，杨金水装疯，嘉靖帝谕令吕芳外重内轻，抗倭事大，杨金水被押解进宫。二审何茂才供出严世藩、杨金水毁堤淹田，供状吕芳看后与严嵩、徐阶商议，把供状驳回重审。吕芳被陈洪出卖去修吉壤，严嵩在家养病，徐阶入内阁值房。海瑞三审郑泌昌、何茂才，二人见风翻供，海瑞查出毁堤淹田与通倭案是何茂才所为，上奏朝廷，郑泌昌、何茂才和江南织造局几个头目被*，吕芳重回司礼监，严嵩亦得到重用。
浙江一团乱麻，改稻为桑不能进行，严嵩举荐鄢懋卿巡盐弥补国库亏空，并要求诛*齐大柱。巡盐共计白银获得白银500多万两，严党上交嘉靖和户部330万两，嘉靖震怒，对于严党却无可奈何。严党要*齐大柱，芸娘献张三丰血经给裕王，李妃谎称是张真人降世传书，嘉靖赦免了齐大柱。后严党查明真相，正月十五上报嘉靖，要击败朝中清流。嘉靖则趁机倒严，严嵩被罢黜，严世藩被*，徐阶上位。
严党倒后，嘉靖与裕王、嘉靖与清流的矛盾也显露出来。海瑞调任北京户部主事，对严嵩所题六必居之“必”字做了文章，被锦衣卫监视。嘉靖将冯保遣送朝天观，吕芳亦被调去南京为朱元璋守陵，吕芳同杨金水一道去南京，陈洪上位。
时至年底，全国官员欠俸未给，百姓饥寒交迫，内阁却拟定用三百万两白银为嘉靖修宫殿。宫殿既成，官员负气不肯上贺表，嘉靖不肯迁居，裕王徐阶出面活动，百官醒悟请求嘉靖乔迁。迁居当日，海瑞上表斥责嘉靖一意修道，大兴土木，贪墨严重，民不聊生，并阐述君臣共治想法，被关进诏狱。
赵贞吉，徐阶，三法司共同审理海瑞，海瑞不改初衷，坚持己说。后嘉靖亲审海瑞，评价其无父无君，弃国弃家。又写好雨、明月二词给裕王，徐高张猜出嘉靖有赦免海瑞之意，遂以儿子辱骂父亲罪名判海瑞秋后斩监侯，给嘉靖台阶下。立秋后处斩当天，嘉靖让黄锦走到诏狱宣纸处斩海瑞，黄锦腿脚不方便，午时后才到诏狱，海瑞没有被斩。后裕王和朱翊钧又带汉文帝时神龟进献嘉靖，请求赦免海瑞。嘉靖祖孙三人招海瑞奏对并嘱咐裕王治国用臣之道，不久驾崩，海瑞被赦免。裕王继位，隆万大改革开始。
