昆仑山地区强烈的隆起始于上新世末第四季初，就算是到了今天，这里也是新构造运动最活跃的地区之一，并以巨大的垂直隆升运动和强大的断裂作用为主要特征。
昆仑山脉与塔里木盆地和柴达木盆地间均以深大断裂相隔，昆仑山地区以前震旦系为基底，古生代时是一块强烈下沉的海域还伴有火山活动，经历了华力西运动后，这里开始出现褶皱上升，构成昆仑中轴和山脉的中脊；
中生代产生拗陷，经燕山运动构成主脊两侧4000米以上的山体，昆仑山脉与构成分隔中国南部与北部的纬向山脉。
昆仑山脉的新构造运动极其强烈，晚第三纪以来上升大约4000～5000米；叶尔羌拗陷中的砾石层厚度2500余米，河谷高阶地上则分布有第四纪火山凝灰岩和火山角砾岩；克里雅河与安迪尔河的上游均保存有中更新世玄武岩流与火山口。
东部昆仑山第四纪以来上升了2800余米，其相关沉积物在柴达木盆地中的埋藏深度达2800米。
昆仑山的新构造运动是间歇性的，才有了叶尔羌河、喀拉喀什河、尼雅河都形成了4～5级阶地，在每个河出山口也形成了4～5级叠置的洪积扇。
