对病菌而言，它们也并非坐以待毙—每个不同种类的病菌都有自己的自卫方式。有些能生成一个荚膜并隐藏在里面，而其他病菌则会产生能使白细胞远离的物质，或产生*死白细胞的毒素。因此最重要的因素是机体防御的速度和效率，而且吞噬细胞并不总能完全保护身体。例如，它们就不能中和危害人体的毒素而只能削弱其毒性。为了彻底消除病菌，机体需要特异性抗体。在白细胞介入后的几小时内，随着巨噬细胞也发挥作用，大多数细菌和胞外微生物将被消除。事实上虽然吞噬作用通常是一个充分反应，但是它对抗体的产生必不可少。大多数细菌通过伪装来保护自己的抗原，从而避免被B淋巴细胞识别。吞噬作用和细菌被部分消化将大大增加淋巴细胞寻找和消灭它们的机会。
如果攻击来自病毒
如果致病微生物是病毒或其他胞内寄生虫，它们能进入机体的细胞内进行繁殖，那么所引起的免疫反应将涉及多种不同的防御系统。如果一个细胞被感染，它将产生干扰素，后者能临时阻断附近细胞的蛋白质合成。细胞通过这种方式形成一个围绕它的隔离缓冲层，其中的微生物在一定时间内不能得到其繁殖的必要条件。同时感染的细胞在其胞膜上呈现复杂的膜抗原MHC-1，随后激活*伤T淋巴细胞及NK细胞的毒性反应。这些总是位于循环系统中的细胞不仅能*死感染的细胞，而且还能产生相应的物质，从而消除感染细胞内的有害物。此外，这些淋巴细胞能产生特殊的化学信息（干扰素等细胞因子），有助于加强机体的防御反应。
当第一道防线不够强大时
吞噬作用和细胞毒性反应的过程可能会持续几小时甚至数天。如果细菌未被破坏或已进入血液，则机体的免疫反应将增强并涉及全身，继而出现疾病的症状。此时抗体将发挥作用，除非身体在此之前受到过相同微生物的感染，导致这些抗体已经存在于体内。
触发不同类型产生抗体的淋巴细胞的反应需要花费一些时间，并且因为该过程需要在血液中散播的大量抗体，所以B淋巴细胞需要增殖，而这种增殖并非立竿见影。一般情况下，一旦微生物入血，它们就会被送到脾并在那里与存在于生发中心的T淋巴细胞和B淋巴细胞接触；或者它们可进入淋巴系统：在这种情况下，它们将在淋巴结（也是B淋巴细胞的生发中心）被过滤。这两种情况下将产生B淋巴细胞克隆的增殖—每种B淋巴细胞带有针对特定陌生抗原的抗体，这就使机体迅速产生阻止感染的足量抗体。事实上被释放到循环系统的抗体将与各自的抗原结合。毒素或微生物—无论是全部或部分—群集能被补体识别和结合，从而促进吞噬细胞去除它们；或者毒素或微生物聚集达到足够的数量和规模并在血管壁沉积，而这种情况下将发生一个局部的炎性反应。
这种复杂的战斗在一个健康机体内的最终结果是任何传染性微生物都将败退。但战斗总是会留下印记—这涉及了具有免疫记忆的细胞。其中大部分是B淋巴细胞，它们将继续表达能合成针对特定传染性微生物或特定毒素的抗体的基因。通过这些细胞的繁殖，机体确保该免疫记忆能保持不变。
