布丽吉特想用“冥滩”帮助人类避免灭绝，便成立布里吉斯公司，与克罗福（拔叔）一同研究BB和开罗尔网络，试图重新恢复人们之间的连接。当她发现自己的使命是毁灭世界，决定*死察觉真相的克里福，却不小心误*BB实验体原型——这个BB就是本作的主角山姆。
亚美莉不忍看到BB惨死，便在冥滩用灭绝体的能力将他复活，打破了生与死的界限，因此引发第一次死亡搁浅现象，导致BT入侵现实世界。布丽吉特收养了复活的山姆，并利用BB实验数据研制出探测器，与亚美莉分别前往各地重建网络，并自称为美国的新总统。
后来布丽吉特患上癌症，世界状况愈发糟糕，心灰意冷的亚美莉故意被恐怖分子组织——极端狂人抓住，实际上却希望世界加速灭亡。濒死的布丽吉特找到山姆，希望他去寻找亚美莉，完成重建美国的使命，游戏就此展开。
在故事的最后，洞悉一切真相的玩家（山姆）可以选择让亚美莉直接毁灭世界，也可以让她暂时不要发动死亡搁浅，看看人类能否顽强生存下去。
