回归者死亡都能回来，并不会变成BT。
在这山姆没有联络布桥斯的期间，也就是游戏开始的三年前，布莉姬研究取得了进展。但因为山姆的消失，布莉姬指派了亚美利装扮成自己女儿，成立第一远征队，带领他们将开若尔网路连上全美国。不过就在此时，随着布莉姬受癌症所苦，其实亚美利内心也正在挣扎，想着这样真的阻止的了大灭绝吗？要不要干脆加快灭绝速度算了？并且刚好在这期间遇上了正与翡若捷（Fragile）合作的席格斯（Higgs），并有了其他打算。
席格斯原本并非是恐怖分子或是狂人，他只是与翡若捷合作，期望打造出一个与UCA 类似的组织，并利用她来完成自己的心愿；席格斯本身也非常崇拜翡若捷的DOOMs 能力，因为他自己的DOOMs 顶多只能感应到BT 在附近罢了。只是由于从小席格斯的教育扭曲，他看见正在拓展网路的第一远征队中，那位所有DOOMs 的源头亚美利（灭绝体）后，他瞬间转换了崇拜对象，深深被亚美利所吸引，认为这才是人类重新连结的未来。
也因此正在挣扎的亚美利遇上了疯狂的席格斯，亚美利选择了加速灭亡，与席格斯演戏让UCA 以为自己被席格斯掳走，甚至还给他了更加强大的DOOMs能力，扮演狂人首领到处在美国引发虚爆，将先前完成的网路通通切断。翡若捷也因为席格斯的能力太强大无法对抗，还在中途因为席格斯的诡计，让翡若捷不小心将核弹运送到了某座城市当中引爆，害得后来翡若捷除了全身被时间与淋过老化外，还得到了与恐怖分子合作的恶名，让她非常气愤。
本剧中与克里夫一样最悲情的角色。
但没想到的是，就在此时山姆在一次送货的过程中来到了布莉姬所在的城市，断掉多年的联系又再次接上。而透过城市中布莉姬的主治医生/BB维护员，也是人造人的亡人（Deadman），和曾经是送货队员的副总统顽人（Die-Hardman）得知，原来自己的母亲在大爆炸后就成为了现任UCA 总统，并要求与山姆见面。这时因为癌症关系，布莉姬已经剩下最后一口气，她知道亚美利的想法，需要山姆在重新连结网路的同时，前往冥滩去找她（也是指亚美利），接着就因癌症关系死去。
贯穿全剧的一句话。
接下来就是游戏真正开始的旅途，在与亚美利透过投影远端声称自己被关押的地点后，山姆即将前往从美国东岸跑到西岸的整人之旅。而同时山姆还取得了编号BB-28 的布桥婴，发现每次连结上时都会看到一些画面，画面中有一个陌生男人。起初亡人告诉山姆，那个可能是过去BB-28 看过的研究人员，不需要太在意。但随着山姆好几次意识同步到多个战场，与该名陌生男子交战，抢夺BB 后，山姆夺走了陌生男子带在脖子上的狗牌，发现他的名字正是叫做克里夫，但此时山姆并不知道他是谁。
随着冒险进行，山姆认识每21 分钟就会跳停止，并前往冥滩3 分钟寻找死去的妻女再复活的心人（Heartman）；与完善开若尔网路的最大工程，玛玛（Mama ，本名玛琳根）和勒克妮姊妹；拥有透过冥滩进行瞬间移动能力的翡若捷。在他们的帮助下，山姆最后成功来到了亚美利被监禁的城市。在与席格斯搏斗中，亚美利看到了山姆前来营救的希望，并收回了席格斯的力量，让他便回没有能力的普通人类，最终席格斯也交由曾经被他背叛的翡若捷处理（结果是席格斯留在冥滩，翡若捷放他生路）。
毕竟多年来她承受着地球的末日，会崩溃也能理解。
山姆也在与亚美利交谈的过程中，了解到亚美利与布莉姬真正的关系其实就是同一人，甚至也抱怨了山姆怎么那么晚才来（小时候约定）。在最终，亚美利问了山姆是否愿意与自己见证地球毁灭的最后一刻，并交给了山姆一把顽人曾用过的对抗BT 专用枪，对山姆说「在这里枪帮不了你，但还是有它的用途（这句话是之后暗示）」。
这里有两种情况（与枪无关）：
- 坏结局：假如玩家选择不管亚美利放任她走，最后就是世界末日。
- 好结局：玩家最后收起枪冲上去抱住亚美利，就会触发好结局。
在抱住亚美利后，山姆表示他想起来当初的约定了，他会永远陪着亚美利，就像是当出布莉姬跟亚美利照顾他一样。亚美利对此非常感动，因为当时她就预知到会有这样的结果，她非常害怕与混乱，不知道哪个未来会成真，做了很多错误的事情。于是她决定让人类去决定他们的命运，并不会因为大灭绝本来就会到来，而加快事情发生，或许顽强的人类总有一天会找到解决办法。
