东南亚水牛的来源不是那么有迹可循，它们有可能是驯养水牛的后代，也有可能是本地野生水牛的后代，或是两个品种的交配产物。
水牛的分类在科学界还有争议，有专家认为水牛只有一个种，下分两个亚种：河水牛和沼泽水牛，其他专家则将两者分为独立的种类。
所以野水牛和黄牛的祖先原牛完全不是一个物种，它们从远古时期就已经开始分化了，生活习性差距很大，基因相差太远，染色体数目差距也很大，因此这两种牛根本无法杂交产生后代。
黄牛和水牛能杂交吗？从黄牛和水牛的区别来看，虽然都是牛，但二者的生活习性有着显著的差异。除此之外，它们的基因差距也特别大。
我们知道，任何物种要想成功繁殖，它们之间是不能存在生殖隔离的，一旦出现生殖隔离，即使产下后代，后代也没有生育能力。
狮虎兽就是个很好的例子，虽说狮子和老虎是属于同科同属下的动物，二者的基因也有一定的相似度，但它们本身并不是同一个物种，因此它们的精卵细胞很难结合，即使通过人工技术的干预，成功率也不足1%，正因如此，狮子和老虎也属于生殖隔离的范畴。
简单来说，生殖隔离就是指由于各方面的原因，使基因关系比较接近的种群，在自然条件下即使交配也不能产生后代，或者不能产生可育后代的隔离机制；其中最典型的例子就是山羊和绵羊、马和驴所生的骡子（骡子是不能生育的），而黄牛和水牛之间正好存在这种生殖隔离。
比起狮子和老虎，黄牛和水牛就更没戏了，因为黄牛水牛的基因差距比狮子和老虎大得多。
既然黄牛水牛都产生生殖隔离了，那为什么不同人种之间却没有产生生殖隔离呢？
目前世界上所有的现生人类都是同一个物种，基因和染色体数目都是一样的，彼此之间不存在生殖隔离。主要原因是各类人种之间基因交流频繁，在时间和地理上都不允许生殖隔离的出现。
