实践中，往往会有纳税人主动补缴税款的情形。其中既有税务机关实施检查前的补缴，也有实施检查后的补缴。
对于前者，根据《国家税务总局办公厅关于呼和浩特市昌隆食品有限公司有关涉税行为定性问题的复函》（国税办函[2007]513号），税务机关在实施检查前纳税人自我纠正属补报补缴少缴的税款，不能证明纳税人存在主观的偷税故意，而税收征管法的偷税具备主观故意、客观手段和行为后果。因此不应定性为偷税。
而对于后者在税务稽查阶段中纳税人主动补缴税款，往往有几种原因，一类是为了逃避处罚，将少缴的税款在结案之前补缴；一类是其税收违法行为不存在主观故意，在稽查中认识到错误，自查自纠并主动补缴税款。对于这两类情形，无论何种情形都不影响对其行为性质的认定。
第一，纳税人具备主观故意，实施偷税行为，造成未缴、少缴税款。税务机关认定纳税人不缴或者少缴税款的行为是否属于偷税，应当严格遵循《中华人民共和国税收征收管理法》相关规定。
《国家税务总局关于税务检查期间补正申报补缴税款是否影响偷税行为定性有关问题的批复》（税总函[2013]196号）明确了纳税人未在法定的期限内缴纳税款，且其行为符合税收征管法第六十三条规定的构成要件的，即构成偷税，逾期后补缴税款不影响行为的定性。因此，纳税人主动补缴税款虽然无法改变行为的定性，但根据《行政处罚法》第三十二条，主动补缴税款可以认为符合“应当从轻或者减轻行政处罚”的情形之一。因此，纳税人主动补缴税款，无论在税收征收层面，还是在税务行政处罚层面都能带来一定的积极意义。
根据公开信息，上海市税务部门对于郑某偷税案件的处罚标准的界定，答复为：考虑到郑某偷逃税案件发生在2018年规范影视行业税收秩序以后，主观故意明显，区分其不同的违法行为，税务机关依法从严进行处罚。其中，郑某偷逃个人所得税4526.96万元，对改变收入性质偷税767.39万元，处以4倍罚款计3069.56万元；对完全隐瞒收入偷税3759.56万元，处以5倍罚款计18797.81万元。
而某市税务部门对于网红偷税案件的处罚标准的界定，答复为：综合考虑朱某、林某在税务稽查立案后较为配合，在案情查实前主动补缴部分税款，具有主动减轻违法行为危害后果等情节，对两人拟处1倍罚款。其中，朱某偷逃个人所得税3036.95万元，处1倍罚款计3036.95万元；林某偷逃个人所得税1311.94万元，处1倍罚款计1311.94万元。
由此可见对于实施偷税行为，造成未缴、少缴税款的纳税人而言，主动补缴税款，除了能够降低税款滞纳金的加收金额之外，还会显著影响税务部门最终的处罚幅度。特别是如果偷税税款金额本身巨大，在法律规定的处罚的幅度范围内，是1倍罚款，还是4倍或5倍罚款，纳税人是否主动补缴税款，该行为对纳税人最终所受处罚的影响程度，会被显著提高。
第二，纳税人实施非偷税行为造成未缴、少缴税款的，一般不涉及行政处罚，但在追缴税款的同时，税务机关一般对其加收滞纳金。根据现行税收征管法律制度规定，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金，并没有对纳税人自查补税予以滞纳金的减免规定。但纳税人主动补缴税款，在计算滞纳金时，可以降低税款滞纳金的加收金额。
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