有日本学者统计，1650年前后到日本的70艘中国船中有59艘来自郑氏所控制地区，繁荣的贸易为郑成功的抗清运动提供了充足的粮饷，也使厦门进一步向贸易中心的发展。
十七世纪来往于长崎和厦门的日本商船
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还有来自荷属东印度的商船
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郑氏的抵抗最终还是失败了，康熙二十二年大将施琅率领的大清水师在在澎湖列岛大破郑氏水军，同年郑氏向清廷投降。
施琅大破郑氏海军
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此前清廷为打击郑氏而实施“海禁”，厦门贸易一度受到影响，现在大患已除，清廷遂于康熙二十三年解除海禁，并在厦门设置海关管理对外贸易，在厦门的船只每年春初趁东北风直接通航到今天新加坡、泰国等地，次年初秋再借西南季风返回，一时间“番船往来，商贾翔集，物产靡至”。
