随着市场经济发展和住宅的商品化、南京中产阶层大幅度增长，经济型别墅的增长需求量带来了别墅市场的第二次大发展。2000-2002年随着南京市政府加大对江宁的开发力度和仙林大学城管委会的成立，将军山、韩府山、翠屏山“三山”版块别墅群纷纷亮相，亚东版块也有较大的开发量，别墅房地产开发如火如荼。一是江宁区三山版块，代表楼盘有瑞景文华、山水华门、翠屏山庄、运盛美之国、玛斯兰德、复地朗香等。该版块北依秦淮新河，南拥牛首山，前后曲水环绕，背靠苍翠的将军山、韩府山、翠屏山，通过三条快速大流量通道与主城区相连。区域周边景观资源丰富，除了三座绵延的山脉、原生态山体森林稀缺自然风景之外，还有散落在三山中的多个珍珠般的小型水库和溪流，有山有水是这个版块最大的优势，符合现代人的追求和生活理想。2001年，瑞景文华破土动工，紧接着山水华门、玛斯兰德、运盛美之国、复地朗香等别墅群应时而生，同时配套建设发展迅速，因此成为南京房地产开发最为成熟的、景观生活第一居所区，是彼时南京最耀眼的别墅版块。
图6：江宁三山别墅版块分布图
二是亚东版块。该地区以金陵家天下、沁兰雅筑、听泉山庄、仙鹤山庄等为代表。仙林大学城的兴起和大学城管委会的成立使该地声名鹊起，大批高素质居住人群聚集，城市规划也向着这一片区发展。该片区有宁镇公路直达新庄立交和当时即将通车的玄武湖隧道，交通也是近郊最方便的。所以仙林版块虽然没有大片的山水资源，然而其便利的交通、良好的人文环境、清新的郊区风光，以及政府打造的“大学城、生态城、生活城三城合一”的概念吸引了不少别墅开发商进驻。亚东建设出品的金陵家天下，第一次采用框架结构，别墅的立面有21种之多的选择；沁兰雅筑景观追求人与自然、人与建筑、人与艺术的和谐统一，并在总体上达到住宅的建筑美与景观的自然美相协调、相糅合。因为产品细作考量，成为当年南京别墅畅销明星，郊区别墅的售价从“两千元时代”跨入“五千元时代”，大大刺激了南京别墅市场，开发商纷纷投入到别墅的开发中去。
图7：仙林版块早期别墅分布图
上述两个版块的别墅开发在此期间得到长足发展，然而百家湖版块由于可开发别墅用地体量较小，在开发了佳湖绿岛、印象威尼斯、文化名园等楼盘后已基本饱和；而被看好的汤山版块则由于人为地在开发过程中因为一些不负责任的开发商滥用温泉虚假宣传、野蛮开发，导致版块口碑不佳，同时由于部分客户群体认为交通不便且沪宁高速出口收费站的存在，汤山版块别墅市场日渐沉寂。
回顾这一时期的各别墅楼盘，多为相对低档的经济型别墅，产品品质一般，主要特点有以下几点：1、选址基本均位于传统概念中的郊区，环境卖点较为突出；2、主打卖价为低价格，与第一时期的别墅相比，平民色彩较为浓郁，相当一部分别墅楼盘的价格低于市中心公寓的价格，消费人群也开始由最初的外资企业经理、私营企业主向金融业、IT业、商贸业及文体界的杰出人士和退休老干部集中，由原先的“金字塔型”开始向“橄榄型”转变，这种消费结构已接近欧美发达国家的消费模式；3、别墅的体量开始增大，产品同质化较严重，市场竞争十分激烈，类似江宁开发区中式合院风格的中国人家别墅楼盘凤毛麟角；4、规划设计起点较低，部分楼盘别墅与洋房、公寓混在一起，产品设计存在一定问题，产品外观也相对缺乏高贵感。
四、南京别墅市场快速发展期。
别墅市场的供需两旺引发了开发商对别墅项目的圈地运动：2002年底江苏阳光置业取得聚宝山地块64万平方米的土地使用权；2003年3月万泰大手笔拿下玄武区上下五旗地块3671亩别墅和高尔夫球场用地，建成了南京顶级别墅——钟山国际高尔夫；2003年6月南京下关宝善地块以18亿底价被福建世茂集团取得、北京锋尚房地产开发有限公司拿下下关小桃园地块、南京仙林房地产开发有限公司竞拍栖霞区仙林大学城仙林大道南侧B地块、景山置业拿下江宁方山东侧两宗合计51万平方别墅用地……南京别墅市场进入了快速发展期。由于低密度别墅用地占用大量不可复制、不可再生的自然资源，大批量的土地出让引起了许多专家、学者、环保人士的反对。2003年2月国土资源部发出紧急通知，要求各省市地区一律停止别墅用地供应。此禁令一出，反成别墅市场一大利好消息，别墅瞬间成为了稀缺物业，别墅市场也因此保持了持续火热的销售势头。2004年，全市别墅供应量约为2500套，销售率为90％；2005年5月—11月，别墅上市的总套数近1600套，销售率约72％，全年的销售率大约在75％。2006年5月31日，国土资源部发布通知，一律停止别墅类房地产项目供地和办理相关用地手续，并对别墅进行全面清理（指独栋别墅），同时明确联排、双拼以及town-house等低密度住宅不属于别墅范围，而被划入高档住宅范围。独栋别墅稀缺，双拼、联排等“经济型”别墅涌入市场，并迅速被市场所认可。
城中别墅版块
为了迎接十运会的召开，2002年南京开展了为期四年的老城环境综合整治工程，拆除了一批城中村、棚户区和违法建筑，腾出了一批优质地块，打造了一批环境景观提升工程项目，为城中别墅的开发建设提供了条件。位于小桃园的锋尚国际公寓、花神湖畔的仁恒玉兰山庄、环紫金山的钟山国际高尔夫别墅、阳光聚宝山庄、天泓山庄、钟山美庐等等都是这一时期环境综合整治完成后开发建设的成果。仙林版块则上市了香溪月圆、依云溪谷、山水风华、汇杰文庭、尚东花园等一批别墅。另外，市中心的民国老别墅以其优良的区位、成熟的配套、稀缺的供给和较高的历史人文价值，得到了投资者的青睐，市场交易相比以往活跃了很多。城中别墅版块代表楼盘——钟山国际高尔夫别墅项目坐落于南京市东部紫金山脚下，是南京市唯一在市区内的高尔夫球场别墅项目，占地面积达3671亩，是顶级的体育休闲运动与高端别墅相结合的项目。项目包括2座国际级赛事标准级18洞72杆高尔夫球场，以及与之配套的超五星级大酒店、铂金级高尔夫会所等综合娱乐项目。邻近酒店和会所，更方便休闲娱乐；靠近环陵路景观大道，交通方便，生态宜人。外立面色调厚重大方，与酒店及会所遥相呼应，最大程度实现别墅风格与地形、地貌的完美结合。景观方面则保持完整的地形、水文、植被的原貌，造就了树影婆娑、花香鸟语、丘陵起伏的独特景观。偌大的景区内只有少量独栋别墅，点缀于山水之间，私密性不言而喻。2011年以其优越的地理位置和自然环境，超五星级的社区配套、国际化设计管理团队背景，“皇家园林高尔夫、紫金龙脉别墅群”的顶级项目定位获得业界认可，荣登亚洲顶级豪宅榜第二。
图8：钟山国际高尔夫别墅
三山别墅版块
这一时期江宁三山别墅版块开发已经成势，周边配套更为成熟，形成了比较纯粹的别墅居住区，并以良好的区位、交通、成熟的配套等，在市民中获得了广泛的认同；但从别墅产品的特点和增值角度来看，三山版块早期的别墅略显粗糙，虽然价格随着市场的发展有所上涨，但大部分别墅仍不符合高端别墅的标准。另外，在百家湖和三山版块中间的高湖、九龙湖也开发了诸如颐和美地、爱涛漪水园、江南文枢苑、康桥水岸等别墅，将两个版块连接起来。这期间主要代表楼盘有玛斯兰德、帝景天成、山水华门、复地朗香等。三山别墅版块代表楼盘——玛斯兰德是由金陵饭店集团麾下的南京金陵置业发展有限公司秉承“建筑品位生活”的人文理念开发的高品位纯别墅项目，位于南京翠屏山风景区内。楼盘总占地面积700余亩，规划建设520余幢双拼及独栋别墅。总建筑面积为25.86万平方米，容积率为0.39，绿化率为60%。玛斯兰德的建筑风格有地中海式、塔什堪那式、西班牙式、美国草原式、法国乡村式，充分体现了社区的多样化和包容性。主环路外围部分主要由风格各异的双拼别墅构成，间以少量院落式小独栋别墅，充分表达均衡和丰富；山脚下绵延到半山坡上的是豪华山体别墅；主环路以内被山上蜿蜒而下的溪流自然分割成5个花冠状的半岛街区，花冠的内核由若干个4个1组的院落式小独栋组成；花冠外围溪流沿岸是一些豪华型独立别墅，围绕主题公园及中心会所，坐镇社区的核心位置。
方山别墅版块
随着三山版块别墅开发趋于饱和，开发商把目光投向了江宁城区南部的方山片区。片区内有方山AAA级景区、国家级地质公园、上秦淮湿地公园以及大学城公园，秦淮河流经此地汇入长江；树木森森，植被繁茂，自然生态环境优美，宜居性较强。这里有被评为“金陵四十八景”之一的定林寺，名胜古迹众多，自古以来就人文气息浓厚；北距南京市中心新街口18公里，南京火车南站11公里，南距禄口国际机场18公里，地理位置优越，交通发达，在古代便是南北往来的必经之所。江宁大学城成立伊始就有14所大学进驻，书香氛围浓郁。方山版块以其优越的地理位置、独特的自然地貌风光、丰富的人文资源和便利的交通吸引了房地产开发商，同时这一片区的发展吸引了越来越多的外企进驻，加大了区域房地产开发。罗托鲁拉小镇、加州城、雷丁TOWN等楼盘就是这一时期方山别墅的代表。雷丁 TOWN源于英国著名大学城镇——雷丁这座历史悠久的城市，是伯克郡府所在地，也是英国乡村环境最美的城市。雷丁TOWN在规划时就力求融入所处的自然生态体系，充分保护和利用方山周边湿地和绿带空间，依托和谐共生的住居生态环境，打造生态低密度人文住宅，从而重建住宅与自然的平衡，并且将秀丽的方山美景，江宁大学城浓郁的人文气息以及地块原生的坡地湿地的自然环境完美地结合。雷丁TOWN 汲取英式古典建筑的风格精髓，在南京首创乔治亚风情别墅，并汲取文艺复兴时代的建筑精髓，结合欧洲各国文艺复兴时期的建筑风格所长，强调门廊等细部装饰的精美性，注重外部整体形象和对称性；景观园林上，雷丁TOWN采用了许多英国经典的设计要素，错落的树木、蜿蜓的小径体现了对于自然的推崇，根据不同特点设计不同组团，打造联邦花园，使得每一个空间、每一个局部都体现出优雅、质朴的英伦风韵。
老山别墅版块
随着南京市的跨江大发展政策的实施，二桥三桥相继落成、规划的过江通道等跨江交通系列利好，以及市场对别墅项目不断增长的需求，使得拥有珍珠泉、老山等优越自然资源条件的江北别墅项目纷纷上马。珍珠泉风景区位于南京市浦口定山西南麓，景区规划面积14.8平方公里，实际开发面积8.9平方公里。珍珠泉风景区既是省级旅游度假区，又是国家级水利风景区，景区内山青、水秀、泉奇、石美，风光秀丽，生态环境优良，明清两代即以“江北第一游观之所”的美誉蜚声大江南北。风景区区位优势明显，面向长江，背靠老山，与正在建设的江北新城融为一体，通过长江大桥、三桥、五桥、扬子江隧道、应天大街过江隧道等与南京主城紧密相连，交通便捷。老山国家森林公园则地处长江北岸，东临南京长江大桥，西靠安徽滁河。公园占地8000公顷，森林覆盖率80%。山峦起伏，古木苍翠，秀竹林立，属北亚热带湿润性季风气候，景区四季景色宜人。这一时期老山版块别墅主要代表楼盘有国信自然天成、金基九月森林、香山湖1号、绿城玫瑰园、金泉泰来苑、鸿信山河水等。
