农村集体所有的建设用地包括宅基地和工业、商业等建设用地；宅基地使用权转让等适用土地管理的法律和国家有关规定，集体所有的其他建设用地适用《民法典》物权编。多数人可能认为农村建设用地的小产权房不合法，小产权房的产权证书怎样办理一直是争议的话题。小产权的房产证怎么办？按《民法典》规定的不动产登记程序办理。
小产权房是否合法？
集体经营性建设用地可以交易2013年，中共中央提出了建立城乡统一的建设用地市场的任务，允许农村集体经营性建设用地出让、租赁、入股，实行与国有土地同等入市、同权同价。2019年，《土地管理法》作出了重大修订，依法登记的集体经营性建设用地，土地所有权人可以通过出让、出租等方式交由单位或者个人使用；废除了原有“农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设”的规定。
2019年，《城市房地产管理法》也进行了重大修改，城市规划区内的集体土地可以依法流转；这里的“流转”，是指集体经营性建设用地的入市，不需要先征收为国有土地后才能出让。集体经营性建设用地的出租、出让及其最高年限等，参照同类用途的国有建设用地执行；这就意味着，农村集体经济组织可以收回期限届满后的建设用地使用权，从而保证集体经济组织的后续发展能力。
集体经营性建设用地的溯及力根据前述分析，集体建设用地上的小产权房，除宅基地外，为合法建筑，可以根据《民法典》规定的程序办理相关产权手续；我国房地产的复杂性，决定着集体经济性建设用地交易过程非常漫长。如，集体所有的哪些地块为集体经济性建设用地；再如，小产权房为建设用地，集体经营性建设用地的溯及力如何等。集体经营性建设用地不包括村庄规划内的宅基地，而是土地利用总体规划、城乡业规划所确定的工业、商业等经营性建设用地；多数地方政府实施的合村并居事实上不符合集体经营性建设用地的要求。
规划所确认的工业、商业等经营性建设用地，不登记并不是不具备经营性用途；登记为集体经营性建设用地仅仅是程序性要求，不登记其性质仍为集体经营性建设用地。这样就涉及到集体建设用地的小产权房的溯及力：倘若认为集体经营性建设用地没有溯及力，并坚持认为不登记的经营性建设用地不能交易，办理小产权房相关产权证书可能“遥遥无期”；倘若认为集体经营性建设用地有溯及力，并认为不登记的经营性建设用地也可以交易，小产权房相关产权证书立即可以办理。
经营性建设用地既然适用《民法典》的相关规定办理手续，集体经营性建设用地的溯及力应当依据《关于适用〈中华人民共和国民法典〉时间效力的若干规定》确认。《民法典》原则上不具有溯及力，但有两个例外：第一，是有利溯及适用规则；第二，新增规定溯及适用规则。集体经营性建设用地适合两个例外的全部情形；集体经营性建设用地的溯及力可以追溯到何时有效，可能也是需要明确的事项。新修订的《土地管理法》自1999年1月1日起施行，该日期之后修建的小产权房，可以认定为合法建筑，并依法办理手续。
《民法典》第三百六十三条规定，宅基地使用权的取得、行使和转让，适用土地管理的法律和国家有关规定；小产权房倘若为宅基地使用权，则不能根据《民法典》物权编的不动产登记办理产权证，除此以外建设用地的小产权房可以办理产权证。具体程序如下：第一，当事人需要提供书面登记申请书；第二，申请人，或者代理人的身份证明材料，或者授权委托书；第三，小产权房权属来源证明材料，主要是购房合同等。第四，小产权房使用的集体建设用地证明；第五，小产权房产界址、空间界限、面积等。
倘若小产权房登记如上述这样简单，也不会有人提出“小产权房产证怎么办”的问题。问题在于，不动产登记机构不予登记，书面告知申请人的事实和理由不能提起行政诉讼，或者行政复议；小产权房登记申请人需要通过法院确权办理申请登记，即，申请人需要通过民事诉讼确认小产权房归申请人所有，然后再办理申请登记。其中，原告为登记申请人，被告为农村集体经济组织，或者小产权房开发人。
“不登记，不发证”，是指宅基地上的小产权房
