新加坡是在李光耀的操作下，经过全民公投才加入的马来西亚，但是沙巴并没有进行过公投，只有英国成立的“科博尔德委员会”和联合国8人小组分别进行的一次调查，得出当地大部分民众支持成立并加入马来西亚的报告。
随后沙巴就加入了马来西亚，成为它的一个州。
马来西亚成立后，气愤的菲律宾甚至召回了驻马来亚大使，直到2年后才宣布承认马来西亚，但表示“保留将来对沙巴提出主权要求的权利”。
1967年，菲律宾总统强硬地表示沙巴主权归属菲律宾，并在科雷吉多尔岛训练摩洛族穆斯林武装人员对沙巴进行渗透、破坏。
1968年9月，菲律宾通过了《共和国5446号法案》，明确宣称沙巴主权归属菲律宾，甚至造成了马、菲两国的断交。
两国就沙巴问题的争端达到了最高峰。
尽管菲律宾一直声称沙巴是菲律宾的领土，但是菲律宾也知道，要回领土是不可能的，强硬的态度不过是象征性声索，做给菲律宾国民看罢了。
争执数十年，1987年菲律宾重修宪法，将沙巴“在历史或法律上属于菲律宾”条款删除，结果这让苏禄苏丹的后裔们不满意了，将主权转让给政府就是希望国家帮自己要回失地，结果菲律宾不仅修改了宪法，而且派出外交部长劝说自己统一立场以和平的方式解决沙巴问题。毕竟马上进入21世纪，促进经济发展才是正道，因为沙巴的主权问题，给菲律宾政府惹了不少麻烦。1989年，贾马鲁尔·基拉姆三世一怒之下宣布，取消1962年将沙巴主权转让给菲律宾政府的决定，继续主权声索。
事实上苏禄苏丹家族们对沙巴问题的态度并不相同，1996年一名“苏禄公主”就曾写信给马哈蒂尔，要求马来西亚将沙巴的租金提高到每年100万美元，这样自己愿意放弃对沙巴的声索。
就算马来西亚答应这个条件，苏丹家族也不会答应，随后一名苏禄地区部落首领就自封为第35任苏禄苏丹，继续支持收复沙巴。
2013年2月11日，一支约180人的小股武装分子，带着武器登陆沙巴，声称受基拉姆三世派遣，前来收复“祖宗之地”，造成双方数十人伤亡。然而这差点连累到了基拉姆三世，菲律宾总统扬言要对基拉姆三世采取法律措施。
沙巴主权问题纠纷，之所以难以平息和菲律宾的国情和现实利益有很大关系，前文说到菲律宾是一个以天主教为主体的国家，但是在南部地区的摩洛族一直存在严重的伊斯兰分裂主义和恐怖主义，其在历史上的生活空间就包括沙巴。
所以沙巴主权问题，菲律宾政府要么不作声，要么就高调宣布拥有主权，比如2018年的宪法修正案又加上了“历史或法律性权力”的表述，以确保菲律宾国内的稳定与统一。
那么沙巴问题到底该如何解决呢？
马来西亚不仅与菲律宾有沙巴主权问题，与新加坡也有过白礁岛、同印尼有过西巴丹岛领土争端，最终提交到了海牙国际法院进行处置，得以解决。那么沙巴问题可以提交到国际法院吗？菲律宾自然是愿意的，但是把自己手里的领土拿到法院让别人裁定归属，这显然对马来西亚不利，毕竟现在全世界都承认沙巴的主权归属自己。沙巴面积高达7万多平方公里，是马来西亚主要的石油产地之一，怎么可能会放弃？
苏禄苏丹的后裔们即便是再怎么高呼，也改变不了沙巴属于马来西亚的事实。
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