然而法兰克福距离东德的西南边界比较近。如果苏军大举进攻应当会先进攻法兰克福。如果苏军一旦得手将一举端掉西德的管理层，同时又可以把西德拦腰砍成首尾不能相顾的两部分。西德决策层有鉴于此最终决定选择小城波恩作为首都。波恩距离东德边界比较远、距离西欧非常近：波恩以西五十多公里就是比利时与西德边界。背靠西方的波恩在战略上处于相对安全的状态。
尽管波恩本身并不是一个大城市，然而波恩位于鲁尔工业区的范围内。鲁尔工业区是西德的工业心脏，所以定都波恩也可以更有效地管理鲁尔工业区。况且西德人始终认为西德、东德的分裂只是暂时的，而德国统一后也许会需要重新确定首都。如果定都于大城市法兰克福，那么统一后再要迁都还涉及很多麻烦。相比之下作为小城的波恩倒是适合当个临时首都，这样统一后要迁都也会相对比较容易。
由此可见西德从一开始定都波恩时就只是将其定义为一个临时首都。波恩无论经济基础还是历史文化底蕴其实都不大适合作为首都，只不过是在冷战时期的特殊背景下因缘际会才成为了临时性的首都。1991年6月21日联邦德国众议院以338票对320票达成了历史性的决定——将首都由波恩迁至柏林。我们可以看到赞成票只比反对票多18张而已，由此可见当时赞成迁都和反对迁都这两种主张之间的博弈有多激烈。
当时德国政府估计为了将首都从波恩迁到柏林需要花费超过200亿马克，而且这还不包括公务人员及其家人的安置费用、周边的基础设施建设费用等等。那些反对迁都的人很多都是被如此庞大的开支震惊到了，然而赞成迁都的人也有他们自己的理由。首先柏林在德国分裂之前曾长期作为首都，所以柏林本身就已成为德意志民族统一的象征。在德国政界眼中只有让柏林作为首都才能算得上是“正统”。
