目前我们吃的益生菌都是活菌，服用后要经过口腔及胃肠道分泌的唾液、胃酸、胆汁等种种磨难，最终部分“勇士”到达肠道存活下来，发挥功效。所以，为了能让益生菌更好地活着进入肠道发挥作用，服用方法非常重要。
饭后30-60分钟最佳。胃酸对益生菌的*伤力非常大，所以，益生菌不能空腹吃，饥饿的时候胃里的胃酸较多。饭后半小时到一小时的时候，饱腹感使胃酸分泌减少，而且还留在胃中的食物把胃里的胃酸都中和掉了，此时，能大大减少胃酸对益生菌的破坏。
2.冲服的水温：用35-37°左右的水冲服最适宜。益生菌本质上就是我们人体内的有益细菌，它们生活的最佳温度其实就是我们人体的体温，所以，用接近人体体温的水最好，就是摸起来几乎感觉不到温热的水，而较高温度的水会*死益生菌。
目前售卖的益生菌基本上都是厌氧菌，厌氧菌的意思就是：在没有氧气的状态下存活的很好，接触空气中的氧后活菌数就大大降低了。所以，应该打开包装立即冲泡后，马上服用，减少益生菌在空气中久置而失活。
4.与两类药物分开服用第一类是抗生素：孩子得病后，如果医生诊断是细菌感染，会给孩子开抗生素。抗生素不分敌友的*细菌，所以要与益生菌分开服用，一般间隔2小时以上。个别药用的益生菌可能对抗生素不敏感，可与抗生素同时使用，一定要仔细阅读说明书。
第二类是黏膜保护剂或吸附剂：儿科常用的有蒙脱石散、洁维乐（磷酸铝凝胶）等，这类药物口服后会附着在肠道粘膜上，形成一层保护膜，影响益生菌在肠道内发挥作用，因此，也需要间隔2小时以上。
