原发病灶的结核杆菌随血循环进入肾脏后，多停留在肾小球周围的毛细血管丛内，形成结核病灶，当机体免疫力正常时，病灶局限在肾皮质，形成多发微小粟粒结节，一般呈双侧对称性分布，不引起临床症状，仅有病理变化，称为病理型肾结核。此时尿中可査到结核杆菌（结核杆菌尿）。病理型肾结核可完全愈合。若细菌量大毒性强、机体免疫力下降，则病灶不愈合，扩展到达肾髓质，成为慢性进行性结核病变，出现临床症状，即临床肾结核。临床肾结核多为单侧性，双侧病例在10％~15％以下。肾结核主要的病理改变为肾髓质的干酪样坏死、空洞形成和尿道的纤维化、钙化。
结核杆菌在肾髓质内生长繁殖，引起组织坏死、溃疡，如坏死溃疡发生在肾乳头处，则其内干酪坏死物质液化后排入肾盏，形成空洞。若不及时治疗则病变可经直接破延、淋巴道或肾盏、肾盂播散，侵犯肾的其他部位，甚至整个肾脏。当病变扩展到肾周时，可形成肾周炎症或积脓。且破溃则形成结核性瘘道。
肾结核（ renal tuberculosis）的另一病理特点为纤维化，纤维化是对结核病灶的一种病理反应，常可致肾盏、肾盂管壁增厚、狭窄，形成闭合性脓肿，当肾盏纤维化狭窄，则形成局限的肾盏积脓。若肾盏广泛纤维化造成梗阻时干酪样坏死物质不能外排，使整个肾脏变为一充满干酪坏死物质的囊腔，成为无功能的结核性脓肾。
钙化也是肾结核的病理特点，可散在分布也可弥漫分布于全肾，多发生在脓肿表面，脓腔内仍有活的结核菌存在，因此，肾结核的钙化并不代表病变已完全愈合，钙化与患者年龄和性别无明显关系，与结核病变的损害程度致，常为严重肾结核的标志。全肾钙化时，输尿管常完全闭塞，称为“自截肾”或“自家肾切除”。
结核病变破坏肾实质，可造成肾功能受损。当肾盏、肾盂或输尿管狭窄后，狭窄以上尿道扩张积水或并发感染，会加重肾实质的萎缩和破坏。
以上溃疡空洞和纤维增生为结核病理发展的不同进程，肾结核以溃疡空洞型最常见。少数患者抵抗力强，可形成以纤维增生改变为主的其他少见类型:如结节型，不发生干酪坏死，病灶广泛分布于皮髓质呈一硬结节状；硬化型或纤维收缩型，肾实质由大量纤维组织替代，整个肾萎缩、硬化；少数患者结核性肉芽肿可在肾皮质内聚合成较大的结核瘤。
肾结核CT表现：
在病理型肾结核期，肾皮质内粟粒样小结核灶，由于体积小，CT一般不能显示，但发生钙化时有，CT可表现出小点状钙化。
临床型肾结核根据其病情发展的不同阶段及相应的病理变化，可出现以下表现。
①肾脏外形改变依肾结核的不同病理变化，受累肾脏体积可正常、增大或萎缩。病变早期体积及外形可无改变，当病变进展，可局限性凸出；若出现肾盏肾盂积水时肾脏体积增大且变形；晚期肾弥漫性钙化，自截肾则肾影缩小变形。
②肾功能改变CT增强扫描可了解肾脏的排泄功能，早期病变范围较局限，肾功能可不受影响，双肾同步强化；随着病变进展，受累部分肾功能丧失，增强扫描后强化程度减低或不强化，而正常侧肾脏功能正常，出现双侧肾脏不同步强化，患侧肾盂肾盏内对比剂排泄功能延时；晚期肾功能严重破坏成为无功能肾增强扫描不强化。
③肾实质内低密度病灶，为肾实质内结核性肉芽脚及脓肿病灶或纤维化、瘢痕，增强扫描无明显强化。初期仅引起局部炎症和肾小盏边缘轻度破坏，表现为直径<1cm边缘欠清低密度结节，若干酪样坏死物质液化后排人肾盏，则形成空洞。
④肾实质内单发或多发囊状低密度病变，是肾结核最常见的特征性征象。一般围绕肾盂排列呈“花瓣状”，CT值为0~30Hu不等，肾盂无扩张。早期病灶较小，位于肾锥体，肾盏轮廓尚可辨认。中晚期病灶较大整个肾锥体及肾盏受累呈类圆形，邻近肾皮质变薄，增强扫描无强化或表现为延时对比剂充盈。其病理基础争议较大，一般认为是扩张的肾盏内积脓或积液所致，亦有人认为是单纯肾髓质结核空洞或脓腔。若CT值为0~10Hu左右，为积液或积脓；若CT值为10~30Hu，为干酪样坏死物质。
⑤肾皮质变薄可局限在受累的肾盏区域或整个肾皮质均匀性变薄，但仍可有一定程度的强化。
⑥钙化50％肾结核可见钙化，CT显示钙化的敏感性较高，钙化的形式多种多样，可呈不规则点、斑片或弧形钙化斑，为坏死空洞壁上的钙质沉积所致；或呈叶状分布，为干酪坏死病灶钙质沉积；也可出现在肾集合系统如肾孟、肾盏内。若肾弥漫性钙化称为“自截肾”，此时，患肾体积缩小，表面凹凸不平，整个肾脏呈高密度钙化，延时扫描无强化。肾结核钙化密度不等，可呈油灰样钙质沉积，CT值为50~120Hu，也可呈CT值大于120Hu的钙化。
⑦肾盏、肾盂管壁增厚、狭窄，并有不同程度的肾积水肾盏、肾盂管壁增厚是肾结核较为特征性的征象，肾积水的形式取决于狭窄的部位，可呈局限性肾盏扩张，或肾盏积水而肾盂不扩张，以及肾盂、肾盏均扩张。其
特征是分离性、不均匀性，前者是指肾盞扩张积水而肾盂、输尿管不积水或轻度积水；后者表现为肾盏扩张部位及程度不一致，部分肾盏明显扩张而其他部位肾盏扩张较轻或不扩张，其病理基础是结核病变致肾盏纤维增生程度不一致。晚期膀胱结核病变累及对侧输尿管口，则形成一侧肾结核，对侧肾积水征象。
⑧肾周侵犯如肾周积脓或包膜下脓肿，表现为肾周脂肪囊变形，或在肾周围有不规则液性密度或软组织密度影，严重者可形成痿道，如皮肤瘘道或肠瘘。
⑨个别病例CT表现为类肿瘤样改变，可能为结核球融合形成的较大结节。可见周边不规则钙化，并可向肾周组织侵犯，大小约数厘米Andrzejak R等人报道一直径达10cm的肾结核球并钙化，同时侵犯肠系膜，肾结核瘤因有完整包膜不与肾盏、肾盂相连，造成肾盏、肾盂压迫，类似于肿瘤。
以上表现并不一定同时出现，多数肾结核患者有上述多项CT表现。据国外资料统计，最常见的CT表现为肾盏扩张（88％），肾实质内瘢痕（80％）和钙化（37％~71％），钙化和狭窄是肾结核较为特征表现。肾结核晚期表现为肾积水，肾功能丧失，或者肾脏萎缩，钙化（自截肾）。
肾结核经抗结核治疗后可好转，早期病变可恢复正常，病变较重时，形成纤维瘢痕愈合。肾结核好转表现为肾孟、肾盏积水程度减轻，肾功能恢复，肾盏、肾盂狭窄或闭塞。
