如此一来，虽然暂时解决了政治中心的偏远问题，但是同样带来一个不可回避的状态：当时的西宁不在青海的辖境之内。清朝统一西部边地之后，将原来明朝设置在青海东北部的西宁卫改为西宁府，仍沿袭明朝的土司制度，属甘肃省管辖。也就是说，清代的青海办事大臣必须寄居在甘肃省的西宁府进行办公。
西宁办事大臣陪祭当地仪式
为什么是西宁？
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从天空俯瞰西宁市的地理位置，会发现这是一个独立无二的交通枢纽地带。西宁是湟水谷地的中心城市，同时是青藏高原东北部的著名古城，该地是中原王朝进入高原的门户，也是历史上丝绸之路支线的吐谷浑道和唐蕃大道上的重镇。
中原王朝掌握西宁所在区域后就可以以此为跳板与前进基地，向西南方向扩张对于羌藏部落的政治影响力，同时也可以将该地作为遏制高原地缘势力（如汉代的西羌与唐代的吐蕃）向东扩张的战略支撑。
相对于平均海拔高度达4000米以上的青藏高原，平均海拔高程不到2500米的湟水谷地着实是一片难得的世外桃源。发源于青海省海晏县祁连山系达坂山的湟水，向东偏南流径青海西宁市，并于今天青海省民和县的下川口（海拔1650米）注入黄河。
整个湟水流域基本属于河谷平原地貌，地势平坦，灌溉水源充足，土壤相对肥沃。冬季，当整个青藏高原地区处在酷寒之中时，湟水流域因为河谷静风与焚风效应的影响，相对较为温暖，具有难得的热力资源。
另外，高海拔的地势条件又让这里产生了自然景观的垂直地理分异。让当地形成了囊括荒漠、草原、森林与雪山在内的多元化地理面貌，从而为从事农业的人口繁衍生息提供了必要的自然条件。夏季当地相对较高的海拔与充沛的水资源又为当地带来了优质的牧草资源，从而也促进了当地畜牧业的发展。
