《新报》被查封之后，穆旦与朱磊夫妇告别，留下了20册《穆旦诗集》。朱磊在回忆文章中写道：“那年秋天，穆旦来告别，他带着不无感慨的心情说：‘我要去读书，深造，远行……’当年远行抗日，现在他要回到他的诗的世界。”
穆旦离开东北，辗转北平、南京、上海、重庆、曼谷等地，工作积攒了一些钱，然后去往美国。他当时的女朋友周与良已经在美国芝加哥大学攻读生物学博士。穆旦到美国后，同样就读于芝加哥大学。1949年底，他们在佛罗里达州的杰克逊维尔结婚。证婚人之一是周与良的五哥周杲良。
穆旦与周与良在芝加哥大学
归来
如今的南开大学校园里，有两栋醒目的大房子，一栋是叶嘉莹的，一栋是陈省身的，房子成为了游览景点，许多人在此拍照留念，这是南开厚待海归人士的标志。陈省身曾经任教于芝加哥大学。穆旦与妻子周与良当时都在芝加哥大学留学。“我们常去他（陈省身）家，陪他打桥牌，然后吃一顿美餐。”
1950年3月，芝加哥，穆旦夫妇与来访的罗又伦夫妇
在芝加哥，穆旦又见到了罗又伦夫妇，穆旦夫妇陪他们游览芝加哥，吃饭，聊中外诗歌。准备离开时，罗又伦对穆旦夫妇说，欢迎你们随时来台湾。这是他们最后一次见到罗又伦。这一年是1950年，蒋介石在台湾恢复陆军军官学校（黄埔军校），罗又伦被任命为校长。
同时期在芝加哥大学留学的还有杨振宁、李政道、巫宁坤等人。几个好友在芝加哥大学成立了“研究中国问题小组”，面对中国的变化，巫宁坤和穆旦主张尽快回国。穆旦在芝加哥大学选修了俄语，他认为这是新中国所需要的，他的俄语成绩甚至好过英语。
1953年，穆旦和周与良几经辗转，回到了国内。他们在芝加哥大学一起租房子的室友巫宁坤此前已经回国，任教于南开大学外文系。不久，穆旦成为了南开外文系的副教授。周与良则任教于南开生物系，创立了微生物实验室。
回国之后，穆旦把许多精力放到翻译上。穆旦译诗很快，极其投入，平时少言寡语，实际是沉浸其中。“他几乎把每个晚间和节假日都用于翻译工作，从没有夜晚两点以前睡觉。”周与良回忆，“他在物质上无所求，饮食极简单，穿着极朴素，翻译中忘记吃饭，仅吃些花生米之类。”刚回国不久，他就翻译了几部苏联的著作，由巴金主持的平明出版社出版。
穆旦一家搬到南开大学东村70号，与巫宁坤为邻。很多年后，巫宁坤在他的回忆录《一滴泪》里写道：“良铮爱喝一杯，但从不过量，有时他特地骑车从官银号一家老店去买一些酱牛肉之类的酒菜，捎来我家小饮。三杯两盏下肚，海阔天空，知无不言，言无不尽。”这几乎是穆旦在南开大学最后的惬意时光。
王宏印是南开大学外语学院英语系教授，2000年，他从陕西师范大学调入南开大学。入职南开，打动他的一个原因便是穆旦曾经在这里任教。他刚来到南开的时候，问起南开外语学院的学生，已经没有几个人知道穆旦就是查良铮，而且曾经就是这个学校的教员。
王宏印拜访穆旦的家人和同事，搜寻他的资料和作品，想给这位诗人和翻译家写一部传记。“也让许多热爱他的诗和他译的诗的人们记住他，至少不要这么快和这么容易就忘了他的诗和为了诗才活过一生的这位真正的诗人。”
到南开外语学院不久，王宏印组织了一个大型的关于《红楼梦》翻译的研讨会。
1942年11月，穆旦《自然底梦》手迹
巧合的是，当年改变穆旦命运的就是1954年在南开中文系、外文系和历史系共同举办的一次《红楼梦》研讨会。“会上，良铮刚发言，只说了一句话，就被召集人阻止，良铮立刻离开了会场，在场的另一位教授说，这样做不对，要让大家把话说完。当场召集人却大发雷霆。”这是周与良回忆中的“外文系事件”。这件事情被扩大化，校方将以巫宁坤为首，周基堃、查良铮等人积极参与的教师定性为反对领导的“小集团”。
1955年，穆旦填写的“社会关系”一栏里有巫宁坤：“巫宁坤，南开大学外文系副教授，和他在美国同学，返国后同在南大任教，来往颇多。群众。但因和他来往可能阻扰自己进步，决定此后不再来往。”
“不再来往”只是应付的说辞。1958年，巫宁坤被下放至北大荒，每次其妻回天津，穆旦都要探问他的情况。1962年，穆旦接到巫宁坤从安徽大学发来急报，立即汇去了数倍于巫因失窃而丢掉的钱。“文革”中，巫宁坤全家被遣送去农村，“良铮不知怎么知道了我一家无以为生的苦况，又汇来了一笔钱，帮我们渡过了难关。”
查英传现在还跟在美国的巫宁坤保持着联系，这次回国开会之前，还打电话问候了巫宁坤。“他（巫宁坤）现在状态不错，他自己重要的愿望也都完成了。”这些重要的愿望包括写成了回忆录。在其回忆录里，巫宁坤多次写到了穆旦。
易彬认为，南开大学当年的“红楼梦研究”座谈会无疑可以看作席卷全国的批判大会的一个分会场，“外文系事件”乃是“红楼梦研究”批判运动在南开的一个异种：在相当程度上，巫宁坤、周基堃、穆旦等“外文系事件”的几个主角，乃是受了“红楼梦研究”批判风气的鼓励——一种时代性的风气鼓励，站出来发表意见，如此一来，一种反抗权威的冲动就变成了切实的行动。
1958年底，穆旦被天津市人民法院判处管制三年。除了之前有参加国民党军队等罪状，还有“反动思想没有得到改造，与南开大学×××形成小集团对抗领导，肃反被宽大处理后仍心怀不满……”
下放
1957年1月，对于诗歌爱好者来说，有一件备受瞩目之事——《诗刊》创刊。当年，许多人排着队去抢购这本文学杂志。臧克家是刚创刊的《诗刊》的主编，他在1957年4月致信周扬：“《诗刊》一下手，就想联系新老诗人，鼓起他们创作的兴致。各种流派的诗人（如穆旦、杜运燮、方令孺、王统照、冰心……），我们都写信约稿。‘百花齐放’后，我们打算约些老诗人聚谈一下，想约朱光潜、穆木天等。老舍先生也给我们写了‘谈诗’的文章。也约过茅盾先生（胡乔木同志也约过）。”
“如果说，刊物的自由风格是一种宽泛的鼓励，那么，这些来自新中国首都的著名刊物的约稿所带来的鼓励无疑更为切实。当然，这种鼓励虽是个人亲身经历及艺术修为使然，但在相当程度上也是一种组织行为，从属于时代大语境。”易彬说。
1957年5月7日，报纸刊出了穆旦的《九十九家争鸣记》，“穆旦”重新出现在读者面前。同年，《诗刊》第5期刊出了《葬歌》。《人民文学》第7期刊出了“诗七首”。
“诗七首”里有一首《我的叔父死了》——
我的叔父死了，我不敢哭，
我害怕封建主义的复辟；
我的心想笑，但我不敢笑：
是不是这里有一杯毒剂？
易彬在分析这首诗时说，“对于庄严的、审判意味浓郁的历史而言，这样一种‘哭’与‘笑’并存的诗歌，在当时无疑是一服充满讽喻色彩的‘毒剂’。”
而这首诗的最后一部分至今仍令许多人惊叹。
平衡把我变成了一棵树，
它的枝叶缓缓伸向春天，
从幽暗的根上升的汁液
在明亮的叶片不断回旋。
“平衡把我变成了一棵树”——学者赵毅衡对这首诗的评价极高。“这句诗像魔咒似地抓住我，怎么也忘不了，像古人的名句一样，有一种超出文字的神秘魔力。什么原因，我弄不清，只知道读中国新诗，从来没有这样的效果。我只想说，这句诗，远远超过中国诗歌在80年代中期以前的最高水平。”
