清漪园建成后，以昆明湖浩渺的水面为特色，以楼、阁、塔、台在空间上进行接续、呼应、填充、点缀，使京西的“三山五园”连在一起，成为中国造园史上最宏伟壮丽的皇家园林。
清漪园以其天然湖山的园林景观冠于其他四园之上，自然的湖山之美，加之人工恰如其分的雕琢，深得乾隆皇帝喜爱。敕几清暇，游娱园中，散志澄怀，题词歌咏，他留下了1500余篇诗词、佳章，有“何处燕山最畅情？无双风月属昆明”的极高赞誉。
清漪园是乾隆、嘉庆、道光、咸丰四朝皇帝的御苑，据中国第一历史档案馆藏清宫《起居注》、《奏案档》记载：乾隆皇帝到过清漪园132次，写过1500余首咏园林风景的诗文；嘉庆皇帝入园265次，最多一年达17次；道光皇帝入园142次；咸丰皇帝入园41次。此时的清漪园仅为御苑，皇帝从未在园中居住。
清道光二十年（公元1840年）英国挑起鸦片战争，清政府战败。咸丰八年（1858年）第二次鸦片战争起，英法联军侵华，清政府战败，和不成。战争三年，京中毫无准备，宫苑珍宝也没有转移。咸丰十年（1860年）英法联军攻人大沽口，9月22日英法联军抵京东八里桥，9月23日咸丰带着后妃等北逃热河，10月6日晚英法联军占领圆明园，10月7日英法联军抢劫圆明园、清漪园、畅春园，10月8日抢劫静明园，两天后抢劫静宜园，“三山五园”所有珍宝文物被抢劫一空，对无法运走的则破坏。10月18 日英法联军放火焚烧圆明园，10月19日英法联军火烧清漪园、畅春园、静明园、静宜园，“三山五园”大火连烧三天三夜，五处园林付之一炬。10月23日清政府签订卖国条约，11月9日英法联军满载抢劫赃物离京。
清漪园昔日金碧辉煌的园林，转瞬之间变成一片焦土。园中除了不怕焚烧的铜亭、石砌建筑之外，全部被毁。经营了一百多年的清漪园荒芜了。当时曾有诗描写劫后清漪园的衰败景象：“玉泉悲咽昆明塞，惟有铜犀守荆棘；青芝岫里狐夜啼，绣漪桥下鱼空泣。”
清漪园毁后并未整修，只是每年仍循例派官员在清漪园龙神祠址支搭席棚摆设牌位祭神。
咸丰皇帝于咸丰十一年（公元1861年）病死在热河，只有6岁的同治继位，同时咸丰皇后被封为慈安太后（俗称东太后），同治的生母被封为慈禧太后（俗称西太后）。通过“辛酉政变”，太后垂帘听政，实际为慈禧掌权。同治十二年慈禧想重修圆明园，国库却是实在无钱，不得不到第二年停工。
光绪十一年（公元1885年）海军衙门成立后，正如众人所知，慈禧“腾挪”了海军经费重修清漪园，光绪十二年（1886年）实际开工。光绪十四年改清漪园的名字为颐和园。光绪二十一年（1895年）海军衙门裁撤，颐和园工程也停工。这次重修清漪园未能全面修复，只重修了前山前湖地区和谐趣园，而后山后湖地区和西堤以西的许多建筑都没有能够修复。
颐和园工程在实际停工5年之后，八国联军于光绪二十六年 (1900年）攻入北京，农历七月二十日清晨，慈禧化装成汉族的一名农村妇女，携同光绪等一行人，乘民间的二轮车由皇宫逃出。他们先是到了颐和园，又向北去了昌平，辗转来到西安。当年八月初六日八国联军的俄国侵略军首先侵占了颐和园，日、美、意、英各国侵略军随之也入园。八国联军在颐和园侵占整整一年，于光绪二十七年八月初二日撤走。颐和园遭到帝国主义再度侵略，文物又一次被抢劫，建筑也受到相当的破坏。光绪二十八年、二十九年对颐和园再次整修。光绪三十四年，光绪、慈禧相继死去，按光绪皇后的旨意：由于新皇帝年龄尚小，一时未能游幸颐和园，故而将殿中陈设封存保管。
辛亥革命推翻了清王朝，民国政府给予了清皇室相当的优待条件，当时的清逊帝溥仪仍住在紫禁城内，颐和园仍作为他的私产，并且明确规定是供他永久居住的地方。
随着清王朝的被推翻，中外许多人士纷纷要求参观颐和园。当时国民政府曾规定了参观办法，后来又试行收费参观。
公元1924年冬天，冯玉祥将军发动了北京政变，对清皇室的优待条件作了修改，溥仪被驱逐出宫。颐和园也不再是可以让溥仪永久居住的地方。
1937年“七七事变”，日本帝国主义侵略北京。7月31日日本侵略军抵达颐和园，并且入园进行搜索，当时关闭了园门，只准日军游览。颐和园重新开放后，日军和日本中小学生可以入园参观，有优待条件。1938年日本大阪朝日新闻社新宫局长索要颐和园御用人力车，经日本特务机关同意，伪市公署立即令颐和园将保管的御用人力车四辆中之一辆拨给日本大阪新闻社。1939年日本大阪朝日新闻社又“借”去原来颐乐殿内大宝座孔雀掌扇及雕花桌等物。1945年8月10日日本投降前夕，仍为造军火由日本昭和通商株式会社将园内铜亭里的铜长桌和仁寿殿、排云殿前铜缸6个、铜香炉4个以及库存铜火炉19 个运往天津，幸而尚未运出海，日本就已投降，才得以将其保留，后又送回颐和园。
颐和园经过英法联军、八国联军和日本帝国主义的三次侵略，已千疮百孔，这里真实地记载着中华民族的辛酸。
从1928年颐和园正式改为公园，直到1948年颐和园解放，其间共有20 年。这期间，南京国民政府并没有能保全国土。“九一八”事变后，将颐和园内的古物向南搬迁。颐和园自清光绪三十四年（1908年）后就开始失修，经过这20年，失修更甚。
1948 年底，平律战役中，国民党守军在万寿山后山和北宫门外山头建了多处碉堡，并想借助古迹顽抗。解放军抵达北宫门北时，尽管步枪在有效射程之内，但未进攻北宫门，而是绕道进军石景山，迫使守敌不战自退，同时也保护了古迹免于战火。1948年12月13日解放军解放了颐和园。
颐和园当时园林荒芜、古建筑非常残旧、文物也大多破损。
