那么，这样的起义运动，因何招致失败呢？
原因有很多，笔者只挑重要的说。
首先，是农民军的劣根性。
这里笔者并没有诋毁劳苦大众的意思，只是针对那个特定的年代及特定的群体而言的。起义的主体，是面朝黄土背朝天的农民，他们没有经历过正规的军事训练，所以整支队伍毫无军纪可言。古代农民军多有自由散漫的毛病，张角的队伍自不会“免俗”。
若想要带领这一支队伍，首领必须有超越常人的魄力和人格魅力。刘邦的军队、朱元璋的军队在起义之初，都曾做过烧*抢掠的恶行，但起义领袖是怎么处理的？及时安抚民众，及时处置罪犯，及时教化士兵。这种势头，绝不能蔓延开来，否则他们的定位就会由兵变成匪。
当农民军将屠刀伸向同为农民的同胞，那么，他们就已不再是代表农民的正义之师，而是人人得而诛之的反贼。任何起义，但凡脱离了群众，走向失败是必然的。
另一重要原因，在于汉灵帝的及时补救。
各地起义爆发，朝堂乱作一团，外戚何进被拜为大将军，镇守京师。此时皇甫嵩向汉灵帝奏疏，请求解除党锢，还天下读书人以自由。汉灵帝看完奏章后迟疑了许久，找来宦官吕强商讨对策。吕强说，倘若这些被禁锢的文人投身黄巾贼，为乌合之众出谋划策，那么反贼的势力将会愈发强大。
汉灵帝虽然是个糊涂蛋，好在他比较听话，相信了吕强所言，解除了持续十五年的党锢。从这以后，那些在阉党之祸中失意的清流派和外戚得以复用，成为剿匪的中坚力量。并且，在平定黄巾贼的过程中，此前郁郁不得志的部分官员逐渐获得了兵权。
例如，刘备的老师卢植，就在党锢解放后被复用，带着一支人马*向黄巾贼的老巢河北。可想而知的是，如果汉灵帝没有解除党锢，那么，单凭何进和皇甫嵩，亦会独木难支。正因党锢被解除，各地人才响应官兵进行剿匪，以压倒性优势战胜了黄巾军。
当然，黄巾军的失败，还有一重要因素，就是张角的力量无法匹敌官兵。
黄巾军在打下若干城池后，早已获得了充足的武器军备，但他们与官兵的差距却不是这些装备能够弥补的。姑且不说皇甫嵩麾下身经百战的官兵，单就那些地方武装，都不是黄巾军能匹敌的。
在造反之前，张角麾下的士兵几乎没有打过仗，甚至连武器都没摸过。他们非但缺乏单兵作战能力，且不懂得服从的重要性。虽然张角军队的编制无限接近于官兵，但他麾下的乌合之众却缺乏战斗素养，打起仗来一窝蜂地冲上去不听从指挥调度，但凡有一个士兵逃跑其他士兵便会作鸟兽散。
即便是地主手底下的乡勇，平日里也会操练起来。所以，在战争期间，张角的黄巾军连这些地方武装都难以匹敌，更何况是训练有素的官兵呢？
最后，就是张角的人格魅力不足了。
黄巾之乱结束后的三国时代，每个主公手下没有几个拿得出手的人才？偏偏张角麾下除张梁张宝外，再无值得一晒的谋臣武将。张梁张宝之所以被后人铭记，亦是因为他们是张角的兄弟，仅此而已。不光是二十一世纪，哪个时代人才都是最宝贵的资源。
不论是小说还是正史里，我们都无法看到黄巾军中出色的将领。就算张角有堪比诸葛亮近乎妖孽的智商，以他一人的力量也无法统筹规划全军。尤其在小说中，张角的每一支主力部队都是被联合绞*的，从未出现某一支黄巾军驰援友军的情况。
倘若黄巾军中有优秀的将领，根本不会出现这种顾前不顾后的布局。张角的手里足有几十万人马，倘若能善用这股力量，未尝不可建立一番功业。可在义军如此声势浩大的情况下，张角只坚持了九个月时间，显然，这种昙花一现般的起义中还存在其他不可知的缺陷。
