在《刺客信条》系列的大多数作品中，各个任务之间很少出现互相影响的情况，主线任务和支线任务的联系也比较弱，虽然之前也不乏家园建设（《刺客信条3》）、恐怖罪案（《刺客信条：枭雄》）这些水准较高的支线任务，但整体上主线和支线可以说是两个相互区别、几近独立的模块，多少有一种割裂感。
与《起源》相比，这部作品的故事格局更为宏大，主角探寻身世之谜的过程也更加一波三折、扑朔迷离。但很遗憾，可能是为了适应关卡和任务的节奏，这个故事的推进过程显得非常拖沓。有时候，你要寻找的人明明就近在眼前，挡路的人却总是能想出一堆琐碎的杂事让你办完之后才肯放行；也有的时候，主线故事已经发展到了生死攸关的紧要关头，严格的任务等级限制则会逼迫你去做其他任务练级之后再继续来过。虽然剧情节奏割裂拖沓的问题是当下绝大多数开放世界游戏的通病，但《奥德赛》展现得尤其严重。
在前作《刺客信条：起源》中，育碧在这方面的设计已经有了一定的改变，游戏中存在不少和主线息息相关的支线任务：例如“夏迪亚的安息”，承接了主线的部分剧情，给这个故事结了尾；再如“重逢”，之后在主线中活跃的塔希拉在这一任务中初次登场；还有“夜幕低垂之时”，联通了主线剧情和另一条反抗军支线……
不同于之前的作品，《刺客信条：奥德赛》在主线任务上可以细分为“家庭”、“神教”、“神话”三条任务线。三条任务线各有侧重，但又在作为主角的驯鹰人身上收束，形成了一个相互联系、推动的整体。这种“多轴驱动”的设计的巧妙之处在于，当某一条任务线处在平淡的过渡期的时候，另一条任务线的展开则可以带来新的“爆点”，再次激起玩家的兴奋感。
